К концу жизни Юстиниан в значительной мере охладел к честолюбивым мечтам молодости, увлекся теологией и все меньше и меньше занимался делами государства. Его излюбленным времяпрепровождением стали беседы и споры со служителями церкви и философами.
Его супруга Феодора (святая императрица) оказала большое влияние на религиозную и политическую жизнь Византийской империи. Эта простая женщина почитается христианской церковью как святая. Юстиниан никогда не придавал значения происхождению Феодоры, считал ее равной себе. Он закрыл газа и на добрачные связи будущей императрицы. Это объясняется тем, что сам Юстиниан был выходцем из крестьянской семьи, хотя и получил благодаря своему дяде хорошее образование и власть. Император действительно любил Феодору, о чем свидетельствуют его переименование крепости Аназарв (в Сирии) в Феодориаду и образование одноименной епархии в Сирии.
Мозаичный портрет Св. Феодоры
После замужества, согласно Прокопию, Феодора не запятнала себя какими-либо любовными историями. Когда ее заподозрили в склонности к рабу-варвару Ареовинду, тот по приказу Феодоры был наказан плетьми и отправлен в ссылку.
Детей у Феодоры и Юстиниана не было. Прокопий в своем трактате сообщает о ее сыне Иоанне, рожденном до брака и воспитанном в Аравии отцом. Когда взрослеющий Иоанн появился в Константинополе, чтобы вернуться к матери, та, испугавшись гнева Юстиниана, сделала так, что больше его никто не видел. Правда, историки упоминают и о дочери Феодоры, рожденной также до брака. Сын дочери Феодоры (то есть ее внук) приобрел при византийском дворе того времени высокое положение, что позволяет сделать предположение о том, что его происхождение императора не смущало.
Феодора правила государством 22 года наравне с Юстинианом: смещала и назначала высших должностных лиц в империи, оказывала влияние на законодательную и внешнеполитическую деятельность императора, занималась дипломатической перепиской, принимала иностранных послов и т.д.
В управлении империей произошло размежевание интересов: Юстиниан проводил общую политическую линию, а Феодора интересовалась ее деталями.
Влияние Феодоры не ослабевало вплоть до ее кончины. С влиянием Феодоры связывают принятие ряда законов, улучшавших положение женщин, а также суровых норм по отношению к гомосексуалистам, предусматривавших наказание в виде публичного оскопления.
В трудные минуты она проявляла редкое мужество и неукротимую энергию. Эти черты особенно ярко проявились во время восстания «Ника», когда в обстановке всеобщей паники она помешала бегству Юстиниана из Константинополя и тем самым, по мнению ряда исследователей, спасла трон. Для бывших куртизанок и проституток Феодора открыла монастырь на берегу Босфора (так называемый монастырь Раскаяния). По пристрастному мнению Прокопия, условия проживания там были настолько суровы, что многие женщины по ночам бросались с высоты, чтобы покончить с мучениями.