Но прежде всего ему необходимо было освободиться от влияния янычар, которые, будучи традиционно мощной силой в государстве, низвергали, возводили на престол и контролировали султанов, на войне же оказывались мало полезными, поскольку пребывали в основном в неге, разврате и практически не занимались военным делом.
Селим призвал французского генерала Себастиании с его помощью создал Низам-и Джедид(«новый порядок»), то есть по-европейски организованное войско. Это должно было привести к цепочке других реформ, но общество было к ним совершенно не готово и не поддержало султана против янычар, которых мероприятия Селима сильно раздражили. В конце концов янычары возбудили восстание, взяли Константинопольи возвели на трон Мустафу IV, сына Абдула I. Селим был посажен под стражу, хотя и во дворце. Через год его приверженцы, под предводительством наместника Мустафы Байрактара, проникли в Константинополь, но не успели освободить Селима, так как правящий двоюродный брат успел дать приказ задушить его.
Селим III был большим знатоком и ценителем музыки, и это качество проявилось в нем еще в то время, когда он был наследником престола. Он не только играл на двух музыкальных инструментах(на танбуреи нее), но и сочинял музыку: в частности, его авторству принадлежит четырнадцать композицийв стиле мугам, три из которых исполняются и в наши дни.
Кроме того, Селим III покровительствовал композиторамимперии, в число которых входили Деде Эфендии Амбарцум Лимонджян.