В 1887 году Дюбуа приехал на Суматру и стал искать здесь остатки питекантропа. Его поиски были неудачны: на Суматре не удалось обнаружить древние геологические слои! Тогда Дюбуа перебрался на Яву и в 1890 году начал производить здесь раскопки. Прошло не больше года, и он нашел то, что искал, — нашел остатки обезьяночеловека.
Местечко Триниль, близ которого производил раскопки Дюбуа, находится неподалеку от вулкана Лаву-Кукузан. Здесь протекает река Бенгаван, или Соло, и здесь на глубине 15 метров Дюбуа обнаружил слой рыхлого туфового песчаника в 1 метр толщиной. Над ним лежали туфы и другие породы, под ним — сине-серая глина. Туфовый песчаник и был тем слоем, в котором сохранились остатки обезьяночеловека, жившего полмиллиона лет назад.
Дюбуа сделал несколько находок: он нашел два зуба — верхний правый зуб мудрости и второй левый верхний коренной зуб, левую бедренную кость и черепную крышку — «кальву». Годом раньше в 40 километрах от Триниля он нашел обломок нижней челюсти. Все это Дюбуа счел за остатки обезьяночеловека и описал под названием «питекантропус эректус» — обезьяночеловек прямостоящий. Название «прямостоящий» отмечало главнейшую особенность этого существа: оно ходило на двух ногах.
Производя свои раскопки, Дюбуа собрал множество костей животных — современников обезьяночеловека: у него оказалось около трехсот ящиков костей ископаемых. В 1895 году Дюбуа отправил свои коллекции в Европу, а вслед за ними уехал туда и сам. Много лет он занимался изучением черепной крышки питекантропа, и большую часть этого времени он потратил на очистку крышки. Крышка была заполнена плотной окаменелой массой, и эту массу нужно было удалить, но так осторожно, чтобы не попортить крышки. Постепенно обрабатывая свои коллекции, Дюбуа нашел в ящиках с яванскими костями пять новых обломков бедренных костей питекантропа.
После отъезда Дюбуа поиски остатков обезьяночеловека на Яве продолжались: вначале раскопки производили помощники Дюбуа, а в 1906 году — экспедиция вдовы профессора Зеленки. Эта экспедиция работала почти два года; было вынуто около десяти тысяч кубических метров земли. Увы! Нового все эти поиски дали очень мало. Лишь один Дюбуа оказался счастливцем: приехал и нашел. За следующие десять лет нашли всего один зуб.
Находки Дюбуа вызвали большие споры. Одни ученые соглашались с Дюбуа; другие уверяли, что найденные кости — остатки крупной ископаемой обезьяны; третьи доказывали, что череп обезьяний, а зубы и бедро — человечьи. Остатков обезьяночеловека было найдено очень мало, а потому и спорить было нетрудно.