Коллонтай убеждена, что следствие, начатое против ее мужа, ничего не даст; с другой стороны, верные Дыбенко матросы направили Ленину и Троцкому ультиматум, извещающий, что, если через сорок восемь часов их дорогой нарком не будет им возвращен, они откроют огонь по Кремлю и начнут репрессии против отдельных лиц. Коллонтай могла бы быть совершенно спокойна, не опасайся она в какой-то степени, что ее мужа могут поспешно казнить в тюрьме».
Матросы действительно явились к Троцкому требовать освобождения Павла Ефимовича. Эту историю описал американский промышленник Арманд Хаммер, который в те годы часто бывал в России, надеясь наладить с большевиками выгодный бизнес.
Несколько сотен моряков, выкрикивая угрозы и проклятия, собрались во дворе здания, где работал Троцкий. Они жаждали его крови. Насмерть перепуганный секретарь вбежал в кабинет Льва Давидовича:
— Моряки хотят вас убить. Пока еще есть время, немедленно бегите через задний ход. Они не слушают часовых и клянутся, что повесят вас на фонарном столбе!
Храбрости Троцкому было не занимать. Он выскочил из-за стола и сбежал вниз по парадной лестнице:
— Вы хотите говорить с Троцким? Я здесь!
Он произнес речь, самым энергичным образом объяснив свою позицию относительно Дыбенко, которого считал дезертиром. Личность Троцкого, его речи обладали такой магической силой, вспоминал Хаммер, что моряки успокоились и даже устроили ему триумфальный прием…
Дыбенко должен был судить Революционный трибунал при ВЦИКе. Обвинителем вызвался быть его недавний коллега из Наркомата по военным и морским делам, бывший Верховный главнокомандующий Николай Крыленко, которого Ленин убрал из армии. Крыленко уже вполне вошел в роль прокурора и относился к Дыбенко как к особо опасному преступнику, а Коллонтай воспринимал как соучастницу преступления.
Александра Михайловна писала Дыбенко в тюрьму: «Вся душа моя, сердце, мысли мои, всё с тобою и для тебя, мой ненаглядный, мой безгранично любимый. Знай — жить я могу и буду только с тобой, — без тебя жизнь мертва, невыносима… Будь горд и уверен в себе, ты можешь высоко держать голову, никогда клевета не запятнает твоего красивого, чистого, благородного облика…»
Коллонтай ради Дыбенко рискнула всем. Не зря мужчины влюблялись в нее без памяти. В политике Александра Михайловна оставалась такой же неукротимой и независимой. На третий день после ратификации мирного договора с кайзеровской Германией Александра Михайловна в знак протеста вышла из состава правительства и подала в отставку с поста наркома государственного призрения.