«Я взялась за выполнение приговора, — объясняла судьям Спиридонова, — потому что сердце рвалось от боли, стыдно и тяжко было жить, слыша, что происходит в деревнях после Луженовского, который был воплощением зла, произвола, насилия. А когда мне пришлось встретиться с мужиками, сошедшими с ума от истязаний, когда я увидела безумную старуху-мать, у которой пятнадцатилетняя красавица-дочь бросилась в прорубь после казацких «ласк», то никакая перспектива страшнейших мучений не могла бы остановить меня от выполнения задуманного».
Спиридонову приговорили к смертной казни через повешение, но потом заменили казнь бессрочной каторгой. У нее открылось кровохарканье, как тогда говорили. Врачи составили заключение, что она нуждается в лечении, но ее отправили на Нерчинскую каторгу. Когда Спиридонову везли по этапу, ее встречали толпы. На одной станции монашка поднесла ей букет с запиской: «Страдалице-пташке от монашек».
«Заброшенная вглубь Забайкалья, отданная на полный произвол обиженной богом и людьми военщины, Нерчинская каторга, кажется, самая древняя из русских каторг, — вспоминала Спиридонова. — Каждое бревно в тюремной постройке, облипшее заразой, грязью, клоповником и брызгами крови от розог, свидетельствовало о безмерном страдании человека. Иссеченный розгами, приходя к фельдшеру с просьбой полечить страшно загноившуюся от врезавшихся колючек спину, получал в ответ: «Не для того пороли». Политические заключенные от отчаяния принимали яд или разбивали себе голову об стену».
Спиридонова провела на каторге 11 лет. Ее освободила Февральская революция. У нее неожиданно открылись ораторские и организаторские способности. Когда она выступала, в ее словах звучали истерические нотки. Но в революцию такой накал страстей казался естественным.
В октябре 1917 года партия социалистов-революционеров раскололась. Правые эсеры выступили против захвата власти большевиками. Левые эсеры поддержали Ленина, вошли в правительство, заняли важные посты в армии и ВЧК. Именно Мария Спиридонова стала вождем левых эсеров.
Первое время Ленин дорожил союзом с левыми эсерами, которых поддерживало крестьянство. У них были крепкие позиции на местах. Но это сотрудничество постепенно сходило на нет, потому что эсеры всё больше расходились с большевиками. Большевики не хотели раздавать землю крестьянам и создавали в деревне комитеты бедноты, которые просто грабили зажиточных крестьян.
Окончательный раскол произошел из-за сепаратного мира с Германией. Брестский мир, с одной стороны, спас правительство большевиков, с другой — настроил против них пол-России. Спиридонова поначалу была сторонницей немедленного мира с немцами. Потом, когда немецкие войска двинулись вперед, ее мнение изменилось. Левые эсеры провели свой съезд и потребовали расторжения Брестского договора, считая, что он душит мировую революцию.