В начале 1919 года ее вновь арестовали. Ее дело разбирал Московский революционный трибунал. Процесс открылся 24 февраля и продолжался один день. Обвинителем назначили председателя Моссовета Петра Гермогеновича Смидовича. Свидетелем обвинения выступал Николай Иванович Бухарин. Ни защитника, ни свидетелей защиты на заседание не пригласили.
Бухарин говорил о «погромном, антисоветском характере» выступлений Спиридоновой, объясняя их чрезвычайной неуравновешенностью ее психической структуры. Сама Спиридонова — честный человек, но она считает советскую власть и большевиков самым страшным злом в мире и ее речи опасны, потому что «недовольный элемент впитывает ее речи как губка».
Обвинитель Петр Смидович обратил внимание на то, что левые эсеры дискредитируют себя и теряют влияние, поэтому «опасности для Советской власти здесь нет и быть не может». Выступления Спиридоновой продиктованы еще и личными мотивами, скажем, неприязнью к Троцкому, которого она называла шкурником и обозником.
— Товарищ Троцкий на фронте всегда впереди, — вступился за председателя Реввоенсовета Республики Смидович, — он знает, что такое тыл и что такое фронт. Он всегда под огнем. Я видел, когда около него разорвался снаряд, он не обращал на него внимания…
Смидович просил трибунал на некоторое время избавить советскую власть от Спиридоновой:
— Для меня важно, чтобы была гарантия того, что это не вернется опять, не встанет перед нами.
Он просил дать Спиридоновой «восемь месяцев такого удаления, которое бы соответствовало тюремному удалению, чтобы в продолжение восьми месяцев с этим препятствием нам не пришлось встретиться».
Трибунал признал Спиридонову виновной в клевете на советскую власть, дискредитации власти, что означает помощь контрреволюционерам, и вынес приговор: «Изолировать Марию Александровну Спиридонову от политической и общественной жизни сроком на один год посредством заключения Спиридоновой в санаторию с предоставлением ей возможности здорового физического и умственного труда».
Насчет санатория — это была, надо понимать, шутка. Ее держали в казарме, где размещалась охрана Кремля.
«Я живу в узеньком закутке при караульном помещении, где находится сто — сто тридцать красноармейцев, — рассказывала Спиридонова. — Грязь, шум, гам, свист, нечаянная стрельба, стук и всё прочее, сопутствующее день и ночь бодрствующей караульной казарме».
Александра Коллонтай пыталась ей помочь. Она записала в дневнике: «На днях ездила хлопотать о Марии Спиридоновой. Была у Дзержинского, Якова Михайловича (Свердлова) и Каменева. Каменев признал, что ее держали в ужасных условиях (в караульном помещении, в холоде. Уборная общая с солдатами). Дзержинский сказал, что ее перевели в Кремль. В больницу…»