Их решение стало поистине открывающим «новый период слепого фанатизма, насилия и террора». Ирония тут вполне уместна, ибо сам эмир Гранады Боабдил, а также члены его совета обязаны были всего лишь принести присягу Кастильской короне. Прочие же жители Гранады могли по выбору или свободно выехать в Магриб или остаться на месте при условии, что они будут исправно платить налоги и добровольно обратятся в христианство.
После капитуляции Гранады, когда было покончено со сторонниками ислама, Торквемада сразу же повел речь о том, что в Кастилии и по всей Испании множество лжеобращенных иудеев глумится над доверчивыми христианами.
Завершилось это тем, что 31 марта 1492 года во дворце Альхамбра Изабеллой и Фердинандом был подписан печально знаменитый декрет об изгнании евреев с территории их королевства. Последствия этого указа таковы: от 50 000 до 150 000 евреев предпочли «конверсию», а от 150 000 до 200 000 — изгнание.
Под конец жизни Торквемада удалился в монастырь Святого Томаса в Авиле, который он сам и построил. Там он снова начал вести жизнь простого монаха, продолжая по мере сил исполнять обязанности генерального инквизитора.
Торквемаде было уже 78 лет, и 16 сентября 1498 года он умер.
В XIX и XX веках очень многие стали называть Торквемаду преступником, ставя его в один ряд с Адольфом Гитлером и ему подобными.
Одни историки утверждают, что Торквемада лично виновен в том, что было сожжено на костре 10 220 человек. Плюс еще 6860 человек, спасшихся от казни посредством бегства или естественной смерти, было сожжено «фигурально» (то есть были сожжены их чучела или портреты). И еще 97 321 человек был подвергнут конфискации имущества, тюремному заключению, изгнанию со службы и прочим наказаниям. Другие называют еще большие цифры. Но при этом, как правило, ошибочно захватываются периоды времени, в которые Торквемада ничего не решал (еще не решал или уже не решал). Плюс включаются в расчет территории, на которые власть Торквемады не распространялась.
Так неужели же лично Торквемада должен быть ответственен вообще за все жертвы инквизиции на всех территориях, где она существовала?
С другой стороны, благодаря деятельности Торквемады как политика стало возможным объединение Кастилии и Арагона в единое королевство. Впоследствии Испания превратилась в одно из самых могущественных государств Европы, положила начало колонизации Нового Света и стала «культурной матрицей» всей Латинской Америки.
Конечно же, решение столь масштабных задач невозможно без применения насильственных методов. Совершенно очевидно, что деятельность Торквемады должна рассматриваться в контексте опасностей, которые грозили государству, в котором он жил и которое он очень любил. Даже изгнание евреев — каким бы шокирующим оно ни виделось нам — не происходило из расистской логики: это был акт, который имел целью завершение религиозного объединения Испании.