В 1525 г. из Ревеля с позором изгнали монахов-доминиканцев. Погромы происходили в Дерпте, Вендене, Феллине, Пернове. В Дерпте особую популярность приобрели проповеди скорняка из Швабии Мельхиора Гофмана, который проповедовал скорое наступление Страшного Суда, ненужность церковной организации и право любого человека, не обязательно священника, совершать церковные обряды в качестве священнослужителя. В Риге Иоганн Ломюллер призвал горожан свергнуть власть архиепископа и перейти под власть ордена. В Ревеле были отпечатаны привезенные из Германии копии «12 статей» для бунтующего немецкого крестьянства, которые теперь распространялись среди эстонских крестьян.
На Вольмарском ландтаге 1522 г. и Ревельском съезде 1524 г. епископы предложили передать ордену часть земель и привилегий-инвеститур в обмен на лояльность по отношению к католической церкви. Это решение было противоестественным, так как орден уже много поколений враждовал с епископами как раз из-за инвеститур. А тут церковь делает шаг, противоречащий сложившемуся вековому порядку вещей, и призывает аристократию также радикально изменить своим принципам. Преодолеть сложившийся «стереотип соперника» рыцарям было нелегко, да они и не особо старались. Передел земель и раздача привилегий пошатнули и без того слабую внутреннюю структуру Ливонии, и усилили сепаратистские настроения у «непатриотично» настроенной части орденской знати.
На Вольмарском ландтаге 1525 г. магистр заключил с епископами союз на шесть лет о взаимной охране земельных владений. Земельные споры с городами можно было решать только по суду. Религиозный вопрос было решено законсервировать, ничего не предпринимать до специального церковного собора. Но практически одновременно 21 сентября 1525 г. магистр Вольтер фон Плетенберг выдал Риге грамоту о ее полной религиозной свободе. Рига охотно признала магистра своим единственным господином, отвернувшись от рижского католического архиепископа.
По Ливонии ходили проекты преобразований. Одним из их вдохновителей был Иоганн Ломюллер, рижский синдик. В его корреспонденции предлагается реформа управления Ливонией. Основной идеей было передать всю власть в Ливонии ордену. Архиепископ и ландесгерры лишались бы прав управлять своими землями. То есть секуляризация произошла бы, но коснулась только владений католической церкви. Мысль Ломюллера сводилась к тому, что власть архиепископа и епископов была не угодна Богу. Он обосновывал свое предложение ордену править единолично тем, что «…магистр вместе со своими гебитигерами пришли в Ливонию милостью божьей, чтобы ею править, защищать и оберегать…». По проекту рижского синдика, Плетенберг и члены ордена, в отличие от исключительно светского герцогства Прусского, обладали бы не только светской, но и духовной властью. Но даже такой «половинчатый» проект остался на бумаге.