Лучше понять отношение Плетенберга к евангелической вере помогает анализ его контактов с протестантскими проповедниками, например с Тегетмаером. С одной стороны, последнему было разрешено проповедовать евангелическое учение, но с другой — магистр запретил ему служить литургию на немецком языке. Кроме того, Плетенберг просил передать проповеднику, чтобы он не способствовал распространению смуты. Скорее всего, эти увещевания были связаны с начавшимся крестьянским восстанием в Гарриене и Вирланде. Магистр был обеспокоен тем, что оно могло нарушить стабильность положения его вассалов, в чьей поддержке он нуждался. В пользу этого говорит тот факт, что он пошел навстречу рыцарству во время ландтага, однако за его рамками дав Тегетмаеру согласие на чтение проповедей, хотя и с некоторыми ограничениями.
Одновременно с урегулированием Дерптской распри и предложением Плетенбергу провести секуляризацию в 1526 г. в рижском совете начинает формироваться пропрусская партия. Ее наиболее активным представителем был рижский синдик Ломюллер. Рига развивает активные контакты с Вильгельмом Бранденбургским, братом прусского герцога и бывшего великого магистра Альбрехта Бранденбургского. Он претендовал на пост коадъютора при рижском архиепископе.
Магистр был осведомлен о планах Вильгельма и стремился им помешать. Это прослеживается в попытке Плетенберга обратиться в Рим с просьбой оставить за ним владение землями в том случае, если Вильгельм будет назначен коадъютором, чему он не мог воспрепятствовать, и не оставлять последнему никаких прав владения.
Ломюллер, синдик Риги и пропрусская партия в совете, чьим активным участником он являлся, надеялись через установление протестантского герцогства и секуляризацию ордена в Ливонии или через объединение с Пруссией реализовать несколько целей:
1) объединиться с экономически сильным регионом;
2) укрепить собственные позиции в отношении феодальных городов;
3) защитить оппозиционно настроенные силы в городе влиятельными сеньорами.
В связи с этим сторонники магистра в совете выступали за единовластие ордена над Ригой, что было зафиксировано в докладе от 1525 г., желая, тем самым, создать противовес пропрусской партии. Последняя, возглавляемая Ломюллером в рижском совете, видела в выборе Томаса Шенинга в 1528 г. архиепископом перспективную возможность осуществить внешнеполитические планы. Шенинг, проповедник кафедрального собора Риги, был сыном берлинского бургомистра. Он состоял в родстве со многими представителями совета. Пропрусская партия навязала ему в коадъюторы брата Альбрехта маркграфа Вильгельма Бранденбург-Ансбахского. Шенинг вряд ли знал о тайных планах Вильгельма последовать по стопам брата, Альбрехта Прусского, и превратить Ливонию в светское княжество. О подобных намерениях свидетельствуют, в частности, слова Вольфганга Лосса, являвшегося советником герцога, от 1529 «…а король в Ливонию уже найден». Под будущим «ливонским королем» явно имелся в виду Вильгельм.