На территории, принадлежавшей упраздненной духовно-рыцарской корпорации, организовывалась ливонская «провинция» Немецкого ордена, глава которого теперь не избирался местными рыцарями, а присылался, как в случае с Германом Бальке, из Пруссии по решению великого магистра (гроссмейстера) и генерального капитула. Соответственно, первоочередной обязанностью ливонского магистра являлось обеспечение выполнения распоряжений, поступающих от главы Немецкого ордена, о чем он, подобно другим должностным лицам Немецкого ордена, должен был отчитываться не реже одного раза в год на генеральном капитуле.
При включении меченосцев в состав Немецкого ордена папой был поднят также вопрос о землях Гарриен и Вирланд (на территориии совр. Эстонии). На них претендовала Дания. Вскоре после процесса инкорпорации Григорий IX направил своему легату Вильгельму Моденскому буллу, в которой поручал легату озаботиться, «дабы король Вальдемар не переносил на ливонское ландмайстерство неприязнь, испытываемую ранее к ордену рыцарей Христовых», уступить датчанам Гарриен и Вирланд, как и находящийся на этой территории город Ревель (будущий Таллинн).
Результатом деятельности Вильгельма стало подписание договора, заключенного 7 июня 1238 г. между королем Вальдемаром и Германом Бальке, как главой ливонской ветви Немецкого ордена, в датском замке Стенби на острове Зеландия. По этому соглашению Немецкий орден передавал королю Вальдемару районы Гарриен, Вирланд и город Ревель. Ревельский замок передавался Дании в целости и сохранности, однако братья-рыцари добились возможности вывезти из него метательные орудия и запасы оружия, провиант и утварь. Вальдемар уступил ордену местность Йервен с условием, что тот без датского разрешения не будет возводить там крепости. Далее король дал обязательство не вторгаться в орденские владения в Эстонии.
Таким образом, к середине XIII в. в Прибалтике в Пруссии и на большей части Ливонии возникло государство северных крестоносцев — Немецкий орден (т. н. Ordensstaat). Оно пыталось дальше расширяться на восток. В 1240 г. рыцари взяли русский город Псков и основали крепость Копорье как свой опорный форпост. Но в 1241 г. Александр Невский выбил рыцарей из Копорья, освободил Псков, вторгся на земли Дерптского епископства, выманил немецкие войска к Чудскому озеру, где в начале апреля 1242 г. и произошло «Ледовое побоище». Ливонцы оказались разбиты. По итогам противостояния в XIII в. на несколько столетий границей между немецкими и русскими землями стали река Нарова и Чудское озеро.