Еще поразительнее было предсказание преподобного Макария за два года до смерти о разорении города Канева и о своей страдальческой кончине. Он убеждал стекавшихся в обитель, перепуганных обитателей города и окрестностей, твердо, безбоязненно держаться святой веры православной: «Приять венец нетленный нельзя иначе, как совершая законно подвиг свой», — говорил им преподобный.
Братия готовились постом, покаянием и причащением Святых Таин к страшному дню; миряне день и ночь слезно молились в храме Божием.
Бедствия скоро начались. На город Канев напали поляки; они убивали и сжигали всех, кто не успел спастись в обители. Но самое страшное несчастье обрушилось на разоренный город и на обитель преподобного Макария в 1678 году, когда султан послал многочисленное войско из татар и турок завоевать Украину для Юрия Хмельницкого. Летописец рассказывает: «Басурмане 25 августа пошли из-под Бужина вверх по Днепру. Дав себе отдых после военных беспокойств, подошли они к славному казацкому городу Каневу и сентября 4-го, взяв его, опустошили и умертвили множество людей. В старинном и прекрасном монастыре Каневском каневцы собрались во множестве и заперлись в большой каменной церкви, надеясь спастись здесь». Неприятель окружил монастырь и употребил все усилия, чтобы вызвать жителей из-за стен обители. Но воодушевляемые твердостью и наставлениями преподобного Макария каневцы непреклонно решили остаться под защитой молитв святого старца. Два дня враги морили голодом заключенных. Потом, видя их упорство, разрушили ворота обители и стремительно ринулись в нее. С крестом в руках бесстрашно их встретил один преподобный Макарий; все остальные попрятались и, где кто мог, искали себе спасения. Враги схватили блаженного старца, били его чем попало, ругаясь над святым крестом, преподобный молил их лишь о том, чтобы не осквернили святого храма, в котором заперлись многие и не убивали невинных. Враги извлекли его из обители, влачили по улицам и нещадно били. Страдалец терпел и, возведя очи к небу, молился: «Господи, приложи мне веру, да верен обрящуся пред Тобою!»
После долгих мучений татары стали требовать, чтобы он сказал им, где имущество и золото монастырское, предполагая, что то и другое было спрятано в обители. Святой старец отвечал врагам: «Мое злато на Небеси, а не на земле. Здесь я его не закапывал, зная, что придут тати и разбойники и расхитят. А имущество церкви в благодати и милости Господней».
Злодеи отпустили некоторых из пленников с тем, чтобы они сказали скрывшимся христианам об ожидавшей их участи в случае, если те не сдадутся и не выдадут имущество. А преподобный со своей стороны велел передать заключенным свое увещание: «Да не отступят православные от святой веры, но да стремятся с терпением на предлежащий им подвиг, памятуя непрестанно Господа Иисуса».