В 1165 году святитель Иоанн был возведен во архиепископа (с тех пор Новгородская кафедра стала архиепископской).
Зима 1170 года для Новгорода была очень трудным временем. Суздальские войска с союзниками два дня осаждали город за то, что новгородцы не приняли князя Святослава, а также собирали дань с неподвластной им Двинской области.
В печали новгородцы молились Богу и Пречистой Богородице о спасении города. В третью ночь святитель Иоанн, когда он молился перед образом Спасителя, услышал голос, повелевший идти в церковь Спасителя на Ильине улице, взять икону Пресвятой Богородицы и поставить ее на острове. Наутро святитель рассказал собору о повелении и послал архидиакона с клириками Софийской церкви за иконой. Войдя в церковь, архидиакон поклонился пред иконой и хотел взять ее, но икона не двигалась. Архидиакон вернулся к архиепископу и рассказал о случившемся. Тогда святитель со всем собором пришел в Ильину церковь и коленях начал молиться пред иконой: «О Премилостивая Госпоже, Дево Богородице, Ты — упование, надежда и заступница нашему городу. Ты — стена, покров и прибежище всех христиан, посему и мы, грешные, надеемся на Тебя; молись, Госпоже, Сыну Твоему и Богу нашему за город наш, не предай нас в руки врагов за грехи наши, но услыши плач и воздыхание людей Твоих, пощади нас, как некогда пощадил ниневитян Сын Твой за их покаяние, яви и на нас Свою милость, Владычице».
Окончив молитву, святитель начал молебен, и когда клир воспел кондак: «Предстательство христиан непостыдное», внезапно честная икона Пресвятой Богородицы двинулась сама собой. Весь народ, видя такое поразительное чудо, единогласно воскликнул: «Господи, помилуй!» А святейший архиепископ, взяв в руки честную икону и благоговейно облобызав ее, отправился с народом, совершая молебное пение, поднял икону на городскую стену и поставил ее против врагов. В то время неприятели стали все сильнее теснить город, пуская на него тучу стрел. В шестом часу вечера начался приступ, стрелы сыпались дождем. Тогда Божиим Промыслом икона обратилась ликом к городу, и из глаз Пресвятой Богородицы потекли слезы, которые святитель собрал в фелонь. Тьма, словно пепел, покрыла суздальцев, они начали слепнуть и с ужасом отступили. Это было 25 февраля 1170 года. Святитель Иоанн установил в честь этого торжественный праздник для Новгорода — Знамение Пресвятой Богородицы (празднование 27 ноября/10 декабря).
В одно время святой Иоанн вел духовную беседу с честными мужами — с игуменами, священниками и благочестивыми гражданами, он рассказывал жития святых, говорил много о душеполезных подвигах и между прочим сообщил о своей поездке в Иерусалим, но не называл самого себя, а как будто говорил о ком-либо другом. «Я, — сказал он, — знаю такого человека, который в одну ночь из Новгорода достиг до Иерусалима: поклонившись Гробу Господню и Животворящему Древу Креста Господня, он снова в ту же самую ночь вернулся в Новгород: во время своего путешествия он ездил на бесе, которого он связал своем запрещением, сделав его как бы пленником своим…»