В ноябре 1918 года оперативный отдел был переименован в отдел Военного контроля Регистрационного управления Полевого штаба РВСР. В систему органов Военного контроля входили отделы при штабах армий и фронтов, а также отделения по борьбе со шпионажем в штабах участков и районов завесы[13] (всего 5 отделов, 14 отделений и 32 пункта). В октябре 1918 года в ведение Военного контроля, ставшего по постановлению РВСР главным контрразведывательным органом Красной Армии, перешла также и военная цензура. С мая 1918 года органами военного контроля руководили эстонские большевики М. Г. Тракман и В. К. Штейнгарт. Органы Военного контроля занимались в том числе и регистрацией бывших офицеров и военных специалистов, охраной учреждений военного имущества, а также разведкой в тылу белогвардейцев. Оперативная разработка военными контрразведчиками дипломатов иностранных государств, переехавших в Вологду в 1918 году, дала возможность установить их связь с белогвардейскими организациями. Были раскрыты контрреволюционные заговоры в советском аппарате в Казани, штабах 3-й и 4-й армий Восточного фронта и в самом аппарате военно-морского контроля. Случаи измены сотрудников Военного контроля имели место на Восточном и Южных фронтах, в Москве, Петрограде, Казани, Вологде и других городах. Эти и подобные факты дали повод чекистам для обвинения сотрудников Военного контроля в контрреволюции.
Максим Густавович Тракман (1890–1937)
Наиболее активным противником Военного контроля выступал член коллегии ВЧК М. Я. Лацис. Будучи с июля 1918 года председателем ЧК Восточного фронта – первого органа военной контрразведки ВЧК в действующей армии, он добился ликвидации подразделений Военного контроля в Казани.
12 ноября на совещании в Реввонсовете республики по докладу члена РВСР А. П. Розенгольца было принято постановление, подписанное членом РВСР, военным комиссаром полевого штаба РВСР А. И. Араловым, председателем ВЧК Ф. Э. Дзержинским и самим А. П. Розенгольцем, о создании Особого отдела путем объединения Военного контроля и армейских ЧК. В обязанности новых органов должны были входить агентурная работа в тылу белых, контрразведка и борьба с контрреволюционерами в Красной Армии.
Александр Матвеевич Штейнгарт (1887–1934)
13 декабря 1918 года на совещании в РВСР, в котором участвовали его члены И. Н. Смирнов, К. Х. Данишевский (председатель Реввоентрибунала РСФСР), С. И. Аралов, главком Вооруженных сил И. И. Вацетис, М. И. Лацис, было принято «Общее положение о войсковых особых отделах (чрезвычайкомах и Военконтроле), согласно которому вместо указанных в названии органов учреждались «особые отделы по борьбе с контрреволюцией и шпионажем… под контролем политических комиссаров реввоенсоветов фронтов и армий». 19 декабря 1918 года состоялось заседание ЦК РКП(б), которое утвердило принятое РВС «Положение». Руководителем нового органа был назначен начальник Военного отдела ВЧК М. С. Кедров.