После окончания Второй мировой войны начался новый этап в конфликте между двумя идеологическими системами, который был назван в мировых средствах массовой информации «холодной войной». В 1946 году военная контрразведка вошла в качестве одного из Управлений в систему гигантского органа – МГБ СССР, из которого 13 марта 1954 года выделился новый орган – КГБ при Совете Министров СССР. В нем, в лице 3-го Главного Управления, продолжала свою работу военная контрразведка, эффективно используя опыт своих предшественников. Перед военными контрразведчиками, в связи с бурным развитием военных технологий, разработок в ядерной сфере и агрессивной политики Западных держав во главе с США, были поставлены новые задачи по обеспечению безопасности Советской Армии от проникновения вражеской агентуры и предотвращении утечки секретов.
В 60-е и 70-е годы вооруженные силы СССР приняли участие в опаснейших для мирового сообщества военно-политических конфликтах. Военные контрразведчики, выполняя свой долг, внесли достойную лепту в дело разрешения таких масштабных конфликтов, как Карибский кризис, гражданская война в Афганистане, принимали деятельное участие и в других «горячих точках» планеты.
За период 80–90-х годов прошлого столетия ими были обезврежены десятки агентов спецслужб противника, пресечены попытки передачи секретных данных. Агенты ЦРУ О. В. Пеньковский, П. С. Попов, Д. Ф. Поляков, бывшие сотрудники военной разведки ГШ МО СССР, нанесшие тяжелый урон безопасности нашего государства, были разоблачены при активной работе и непосредственном участии военной контрразведки, и понесли залуженное наказание – расстрел.
Военные контрразведчики, где бы они не находились – в кровопролитных сражениях под Москвой, под Сталинградом или под Курском или в «горячих точках» планеты, – всегда стояли плечом к плечу с советским, российским солдатом, повышая его боеспособность и безопасность, охраняя его от тайных вражеских ударов в спину, а в случае необходимости, первыми шли в атаку, увлекая своей решительностью и бесстрашием рядовых бойцов.
Светлая память всем чекистам, в том числе военным контрразведчикам, отдавших свои жизни и здоровье в деле укрепления безопасности России и ее вооруженных сил!
Сегодня военные контрразведчики руководствуются в своей работе положением Федеральной службы безопасности в войсках, принятого 7 февраля 2000 года, а также имеющимися законами о Федеральной Службе Безопасности, концепцией национальной безопасности и конституцией Российской Федерации.
В 1991 году, после изменения политического строя в нашей стране, военная контрразведка департамента ФСБ России столкнулась с новыми угрозами, исходящими от стран, внешняя политика которых ориентирована на политическую и экономическую дестабилизацию Российской Федерации.