Изначально «Братья-мусульмане» поддерживали «Свободных офицеров», прежде всего потому, что Насер обещал реализовать свою социалистическую программу в постреволюционном Египте. Насер в благодарность за их поддержку совершил паломничество к гробнице аль-Банны и даже предложил «Братьям-мусульманам» войти в новый парламент, хотя они отказались, чтобы не запятнать аполитичные принципы аль-Банны.
По мере того как Насер постепенно воплощал на практике свою националистическую программу, принципы его правления стали идти вразрез с тем, что проповедовали «Братья-мусульмане». В январе 1953 г. в рамках плана Насера по усилению своего контроля над правительством все партии и политические организации были объявлены вне закона, за исключением «Братьев-мусульман», поддержка которых все еще была важна для поддержания его популярности в народе. В следующем году, однако, после того как во время произнесения речи в Александрии в Насера несколько раз выстрелили, он возложил вину на «Братьев-мусульман» за попытку покушения на его жизнь и объявил вне закона; члены общества были схвачены и заключены в тюрьму, а его лидеры подвержены пыткам и казнены.
Многие члены «Братьев-мусульман» пришли к выводу, что социалистическое видение концепции изменения сердец для изменения общества должно быть отброшено, то есть проект аль-Банны по исламизации не получится реализовать посредством актов, направленных на повышение социального благосостояния. Реалии постколониального Египта, по их мнению, требовали нового видения ислама и его роли в современном мире.
Поэт, писатель, журналист, критик и общественный деятель Сейид Кутб известен как отец исламского радикализма. Родившийся в Верхнем Египте, он, как и аль-Банна, перебрался в Каир во время бурных 1920-х гг. После непродолжительного периода работы в министерстве просвещения Кутб отправился в 1948 г. в Соединенные Штаты Америки для изучения опыта организации системы образования. Кутб был напуган быстрым распространением западной культурной гегемонии в развивающихся странах Ближнего Востока и Северной Африки, феноменом, который иранский общественный деятель Джалал Але-Ахмад, современник Кутба, назвал Гарб задеги, или «Отравление Западом (вестоксикация)».
По возвращении в Каир в 1950 г. Кутб присоединился к «Братьям-мусульманам», возглавив отдел пропаганды. После революции 1952 г. Насер предложил Кутбу войти в правительство, но тот отказался, предпочтя продолжить общественную деятельность. После покушения на жизнь Насера Кутб стал одним из тех членов «Братьев-мусульман», кто был арестован и брошен в тюрьму.