Будучи гонимыми, шииты все более сплачивались вокруг своих духовных вождей, слова которых они считали истиной в последней инстанции. В результате резко возросла роль шиитских имамов (по сравнению с суннитскими). Претендуя на право говорить голосом скрытого пророка, шиитские имамы играли едва ли не большую роль, чем государственная администрация.
Важную роль в организации шиитов играли алиды. Они воспринимались в качестве представителей особого сословия, наделенного высшей благодатью и поэтому имевшего особые привилегии. Представители этого сословия — сейиды имели даже особую одежду (зеленое платье — цвет пророка — и черный тюрбан).
Основная часть шиитов — шииты-имамиты — почитает двенадцать святых имамов, включая скрытого.
Большинство приверженцев этого направления в исламе живет в Иране.
В середине VIII в. от них отделилась другая крупная шиитская секта — исмаилиты. Ее возникновение связано с расколом среди шиитов. Большинство шиитов признало седьмым имамом Мусу аль-Казима (сына Джафара ас-Садика). Однако часть шиитов считала наследником имамата старшего сына Джафара — Исмаила, а после смерти последнего в 762 г. — его сына Мухаммеда ибн Исмаила. Последователей этого направления в исламе и стали называть исмаилитами.
После смерти Мухаммеда ибн Исмаила произошел новый раскол. Одни считали его последним (седьмым) имамом и ожидали его возвращения. В конце IX в. эта ветвь исмаилитов получила название карматы. Другая ветвь исмаилитов признала имамат одного из сыновей Мухаммеда ибн Исмаила. В начале X в. их стали называть фатимидскими исмаилитами. Поскольку обе ветви хранили имя имама в тайне, долгое время не было особой разницы между ними.
Исмаилиты признают семь стадий эманации «высшего мира», которым соответствуют семь пророческих циклов «малого мира». Последний, седьмой цикл, будет отличаться пришествием последнего великого пророка — Кайма. Фатимидские исмаилиты разработали строгую систему иерархии религиозных чинов. По этой системе лишь трем высшим степеням доступно истолкование «внутренней» доктрины. Основная масса верующих редко поднимается выше третьей ступени.
Одной из крайних шиитских сект являются алавиты. Ее основателем считается Мухаммед ибн Нусайр (умер в Басре около 883 г.). Будучи приверженцем одиннадцатого шиитского имама, аль-Хасана аль-Аскари (умершего в 873 г.), Мухаммед ибн Нусайр стал проповедовать учение о божественности этого имама, пророком и посланником которого он себя считал. Нусайриты называют его бабом (вратами) аль-Хасана аль-Аскари.