И вот профессор совершает главное дело своей жизни — уникальную операцию: он пересаживает Шарику гипофиз человека от скончавшегося за несколько часов до операции мужчины. Человек этот — Клим Чугункин, двадцати восьми лет, судимый три раза. Занимался тем, что играл на балалайке по трактирам.
В результате сложнейшей операции на свет рождается безобразное существо. Оно наследовало пролетарскую сущность своего предшественника. Булгаков так описывает его внешний вид: «Человек маленького роста и несимпатичной наружности. Волосы у него на голове росли жесткие… Лоб поражал своей малой вышиной. Почти непосредственно над черными кисточками раскиданных бровей начиналась густая головная щетка». Первые произнесенные им слова были ругань и «буржуй».
С появлением этого человекообразного существа жизнь профессора Преображенского и обитателей дома становится сущим адом. Неожиданно появившееся лабораторное существо требует присвоить ему наследственную фамилию Шариков, а имя он себе выбирает Полиграф Полиграфович. Едва сделавшись неким подобием человека, Шариков наглеет прямо на глазах. Он требует от хозяина квартиры документ о проживании, уверенный, что в этом ему поможет домком, который защищает интересы «трудового элемента». В лице председателя домкома Швондера он тут же находит поддержку. Именно он, Швондер, требует выдачи Шарикову документа о проживании, утверждая, что документ — самая важная вещь в государстве.
Шарикову чужды совесть и мораль, стыд и другие человеческие качества. Им движет лишь подлость и злоба.
Профессор Преображенский все-таки не оставляет мысли сделать из Шарикова человека. Он надеется на эволюцию, постепенное развитие. Но развития нет и не будет, если сам человек к нему не стремится. Вся жизнь профессора превращается в сплошной кошмар. В доме нет ни покоя, ни порядка. Благие намерения Преображенского создать «новую единицу общества» оборачиваются трагедией. Он приходит к выводу, что насильственное вмешательство в природу как человека, так и общества приводит к одинаково катастрофическим результатам. О своем творении он говорит с гневом: «Вы стоите на низшей ступени развития, все ваши поступки чисто звериные, и вы в присутствии двух людей с университетским образованием позволяете себе… подавать какие-то советы космического масштаба и космической же глупости».
Профессор, предвидя будущие катастрофы, исправляет свою ошибку: Шариков вновь превращен в пса, который доволен своей судьбой и самим собой. Но в жизни подобные эксперименты необратимы. И Булгаков сумел предупредить об этом в самом начале тех разрушительных преобразований, которые начались в нашей стране в 1917 г.