Толстой вложил в дело свойственные ему расторопность и энергию. Его методы едва ли поддавались тиражированию, но в непосредственном общении с детьми такой страстный, харизматический и преданный делу учитель и непосредственно им подготовленные ассистенты могли добиваться выдающихся результатов.
По возвращении из-за границы Толстой открыл еще двадцать школ в ближайших деревнях, начал издавать педагогический журнал «Ясная поляна» и попытался основать Общество народного образования. Выпустив первый номер «Ясной Поляны», он написал письмо Чернышевскому, попросив поместить обзор журнала в «Современнике», чтобы сделать его идеи доступными читателям гораздо более популярного издания.
Когда-то в начале своей карьеры критика Чернышевский приветствовал появление «Детства» и «Отрочества», отметив тонкость психологического анализа и введя в оборот формулу «диалектика души», которой суждено было стать ходовым обозначением особенностей манеры Толстого. Однако в его отношении к Толстому всегда проглядывало снисходительное высокомерие профессионального интеллектуала, живущего своим пером, к аристократу-дилетанту. Толстой платил ему сходным, хотя и гораздо более эмоциональным отношением. Однажды в письме к Некрасову он назвал Чернышевского «клоповоняющим господином» (ПСС, LX, 74).
Чернышевский откликнулся на появление «Ясной Поляны» статьей, исполненной обычного для него сознания собственной папской непогрешимости. Он похвалил Толстого за добрые намерения, но с глубочайшим скептицизмом отнесся к предложенному им несистематическому методу образования. Толстой утверждал, что образованные люди не понимают настоящих потребностей крестьян и потому не могут заранее знать, чему тех следует учить. В ответ Чернышевский посоветовал ему сначала поступить в университет и там освоить все, что необходимо знать учителю.
Консерваторы не меньше радикалов были раздражены стремлением Толстого вывести миллионы людей из-под государственного контроля в столь сложный для России момент истории. Многие статьи из «Ясной Поляны» запрещала цензура. Толстой и сам мог убедиться, насколько непримиримые конфликты возникали в ходе реализации реформ: несколько месяцев он прослужил мировым судьей, пытаясь примирять споры между помещиками и крестьянами. Эта деятельность удавалась ему хуже учительской. Крестьяне упрямо отказывались выслушивать его доводы, которых, скорее всего, просто не были способны понять, а дворяне страстно его ненавидели. В апреле 1862 года Толстой оставил эту должность, сославшись на нездоровье. Примерно тогда же он начал чувствовать, что ему все труднее всецело отдавать себя учительскому труду.