Недовольство зрело и в крепостях. Сформировать множество гарнизонов одновременно из профессиональных военных правительство было не в состоянии и набирало для службы в них людей из низших сословий. Кое-где воеводам разрешено было записывать на службу помещичьих крестьян, вольных людей с посадов, казаков, стрелецких детей и просто гулящих людей. Стекались туда и беглые крестьяне и холопы. Иной раз достаточно было привести с собой лошадь, чтобы быть записанным на службу, — воеводы предпочитали лишних вопросов не задавать. Служба была тяжелой, многие пытались самовольно ее оставить. Беглых били кнутом и заключали в тюрьму. Некоторых ожидала смертная казнь.
Недовольны были и московские стрельцы, которых посылали в эту глушь для укрепления гарнизонов. По уставу они должны были служить там несколько месяцев до прибытия смены, но на деле застревали в крепостях на неопределенное время, оставив в столице семьи и доходные промыслы.
Наконец, за Лжедмитрия горой стояло южное мелкопоместное дворянство. Дворяне неохотно переселялись на южные неосвоенные земли, поэтому правительство отправляло туда на житье детей боярских из мелкопоместных семей принудительно. Им давали небольшие участки земли, но обрабатывать их они должны были сами. Голод и крестьянские законы Годунова поставили этих людей на грань разорения, и терять им было нечего.
Весной 1605 года правительственные войска полностью утратили боеспособность. В течение многих недель огромная армия стояла под небольшой крепостью Кромы, которую удерживали сторонники Лжедмитрия. Дожди, болезни и весеннее половодье измотали войско, солдаты разбегались. Многие знали, что царь болен и долго не протянет. И действительно, 13 апреля 1605 года Борис Годунов скончался. Приближенные его сообщают, что в последние недели перед смертью он все чаще впадал в сомнения, почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер.
К лету 1605 года все южные области России, в освоение которых правительство Годунова вложило столько сил и средств, оказались охвачены восстанием. Дорога на Москву была открыта.
Через три дня после смерти Бориса Годунова Москва присягнула его 16-летнему сыну Федору Борисовичу. Присягнули и крупнейшие города России — Новгород, Казань, Астрахань, а также Поморье и Сибирь. Возможно, Федор стал бы неплохим государем. Он получил прекрасное образование и обладал явными способностями. Но он был внуком Малюты Скуратова, это и обрекло его на гибель.
Как ни странно, роковую роль в судьбе Федора сыграл текст присяги. Там не было ни слова о беглом монахе, воре и еретике Гришке Отрепьеве, которого правительство Годунова неустанно обличало, но шла речь о неком «князе Дмитрии Углицком». В результате сомнения подданных только усилились. Кто этот «Дмитрий Углицкий»? Не подлинный ли это царевич? Уже через несколько дней после присяги пошли слухи, что Борис покончил с собой в страхе перед сыном Грозного. В Москве начались волнения. Народ немного успокоился лишь после приезда в Москву князя Мстиславского и братьев Шуйских. Князь Василий Шуйский, руководивший следствием в Угличе, поклялся, что царевича Дмитрия нет в живых, а «путивльский вор» — это беглый монах Отрепьев.