В день своего восшествия на престол Шуйский распорядился убрать труп самозванца. Тело Лжедмитрия привязали к лошади, выволокли в поле и закопали у обочины дороги. По городу, однако, ходили разные слухи. Появлялись «прелестные письма», подписанные чудом спасшимся Лжедмитрием, говорили, что из могилы его вырывается голубое пламя. К тому же вдруг наступили невиданные холода и пожухла вся зелень… Обеспокоенное духовенство распорядилось выкопать труп «колдуна» и сжечь.
Неглупый и хитрый Шуйский не обладал способностями к управлению государством. Главная его беда заключалась в том, что он все время лгал. Шуйский без зазрения совести сначала говорил, что царевич Дмитрий погиб по трагической случайности, потом — что зарезали другого мальчика, а царевич чудесным образом спасся, потом — что царевич все же погиб, но не случайно, а по злому умыслу, а тот, кто выдавал себя за царевича, — самозванец… Лжи было столько, что Шуйскому уже не верили. В начале июня из-за этого в городе случился настоящий бунт. Пришлось Шуйскому распорядиться, чтобы в Москву из Углича доставили останки царевича в доказательство того, что истинный Дмитрий давно мертв.
Гроб Дмитрия открыли и подвели к нему старицу Марфу, которая меньше чем за год до этого со слезами встречала обретенного «сына». От нее ждали каких-то слов, но увиденное так потрясло ее, что она ничего не смогла сказать. Тогда Василий подтвердил сам, что это и есть мощи царевича. Ему не слишком поверили. Многие знали, что с подачи Шуйского покойного царевича готовились причислить к лику святых. Но канонизировать самоубийцу было невозможно, а ведь совсем недавно Шуйский, руководивший следствием по Угличскому делу, убедительно доказал, что мальчик сам в припадке падучей случайно ткнул себя ножом. Теперь тот же Шуйский утверждал, что царевич — не самоубийца. Якобы мальчик «играл в орешки», когда к нему подкрались злодеи. В подтверждение этой версии на грудь истлевшему покойнику положили свежие орешки и даже вымазали их кровью.
У гроба, выставленного в Архангельском соборе, происходили массовые исцеления — слепые прозревали, безногие вставали. В Кремль началось массовое паломничество. Противники Шуйского воспользовались ситуацией и подвели к гробу тяжелобольного, который там же и умер. Тут же пошла молва, что мощи — подложные, что мать сына своего не узнала, что Дмитрий — жив… Доступ к телу пришлось закрыть.
Вскоре слухи о том, что свергнутый царь жив, приобрели пугающую реальность. Говорили, что он вновь объявился на юге, что с ним идет польская армия. Слухи эти усиленно распускали Юрий и Марина Мнишеки. Избежав гибели, они какое-то время оставались в Кремле, питая призрачные надежды, что Марину признают законной царицей. Мнишек даже попытался устроить ее брак с Василием Шуйским. Дума, однако, отвергла все их претензии и сослала в Ярославль. После этого все их помыслы были связаны с тем, что народ не поверит в смерть «доброго царя». С помощью своих родственников в Польше они решили разыграть чудесное спасение государя. Нужен был лишь подходящий кандидат. Им вызвался стать московский дворянин Михаил Молчанов, приближенный Лжедмитрия, бежавший из Москвы после убийства самозванца. Едва ли Молчанов собирался царствовать, разве что надеялся половить рыбку в мутной воде. Терять ему было нечего, он участвовал в убийстве Федора Годунова, обвинялся в колдовстве, был бит кнутом. Московские дипломаты прекрасно знали, кто объявился в Самборе, и быстро сообщили об этом польским властям. Сигизмунд III, опасавшийся мятежа в собственном королевстве, на этот раз предпочел не оказывать Мнишекам и их сторонникам никакой поддержки и не позволил им собрать военный отряд.