Летом 1584 года атмосфера накалилась до предела. В столице участились поджоги, по улицам ходили вооруженные патрули. В правительстве шла борьба вокруг главного финансового ведомства — Казенного приказа. Вопреки мнению многих влиятельных бояр, Борис Годунов смог настоять на ревизии государственной казны, которая обнаружила огромные хищения, и боярский суд вынужден был приговорить главного казначея (и опасного соперника Годунова) Петра Головина к смерти. (В последний момент Годунов заменил казнь ссылкой.) Вскоре после этого Годунов и Романов угрозами и уговорами заставили удалиться в монастырь еще одного своего соперника — князя Мстиславского. Но Борис Годунов прекрасно понимал, что может сохранить свое положение лишь до тех пор, покуда жив и здоров царь Федор Иоаннович. А тот, как назло, тяжело заболел уже 1585 году.
Болезнь государя едва не стоила Годунову власти, а может быть, свободы и жизни. Опасаясь за свою судьбу, он вступил в тайные переговоры с Австрией и Англией. Об этом стало известно. Выяснилось, что Борис Годунов не только готовил себе в Англии политическое убежище, но и собирался в случае смерти Федора Иоанновича выдать свою сестру, царицу Ирину, замуж за австрийского наследника престола. По Москве пустили слух, что Годунов хочет возвести на московский престол немца-католика… Бунт разразился в мае 1586 года. Восставшие москвичи ворвались в Кремль, угрожая «побить без милости всех Годуновых». Бояре не выдали Бориса и его родственников только из страха, что одних Годуновых толпе будет мало. Регент Иван Шуйский заявил, что больше «на Бориса нет гнева», и уговорил народ уйти из Кремля. Противники Годунова думали, что как с политическим деятелем с ним уже покончено.
Однако чтобы окончательно уничтожить Годуновых, нужно было развести Федора Иоанновича с Ириной. Предлог для этого нашли самый серьезный — бездетность царицы. Бояре подали Федору прошение об удалении Ирины «во иноческий чин». Его подписали Иван Шуйский, члены Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и городская верхушка. Они забыли, что даже Иван Грозный не смог заставить Федора расстаться с женой, — и поплатились за это. Митрополит был лишен сана и заточен в монастырь, такая же судьба постигла и других деятелей церкви. Несколько позже Шуйских обвинили в измене, подстрекательстве к мятежу и тайных связях с Речью Посполитой. В конце 1586 года в Москве и в самом деле вспыхнул бунт посадских людей. По официальной версии, «князь Ондрей Шуйский с братьею учали перед государем измену делать… и на всякое лихо умышлять с торговыми мужики…» Обвинение было очень серьезным — как раз тогда польский король Стефан Баторий готовил вторжение в Россию. «Мужики» поплатились ссылкой, шестеро купцов были казнены. Но с Шуйскими тогда поступили мягко, повелев им удалиться из Москвы.