В Константинополе такому развитию событий противились, как могли, но деваться было некуда — спасти Константинопольскую патриархию от разорения могли только русские деньги. В 1588 году новый Константинопольский патриарх Иеремия (прежний, Феолит, был низложен турками) отправился в Москву.
Правительство Годунова сделало все возможное — после нескольких месяцев почетного заточения и переговоров Иеремия согласился остаться в Москве. Однако Борис Годунов наметил на роль главы русской церкви вовсе не грека, а своего ставленника митрополита Иова. Объяснялось это просто — русскую церковь должен возглавить русский. Иеремия не желал уступать, и давление на константинопольскую делегацию продолжилось. На этот раз в ход пошли угрозы. Наконец запуганный патриарх согласился на все и просил только, чтобы его «государь благочестивый царь пожаловал отпустил».
Сразу после этого был созван священный собор, где по указанию Годунова «тайно» избрали трех кандидатов (одним из них был Иов), из которых благочестивый царь выбрал одного — опять-таки Иова, который и стал первым патриархом.
Введение патриаршества, хотя и предпринятое из чисто практических соображений, стало важнейшим событием в духовной жизни Руси. Исполнилось пророчество, впервые прозвучавшее вскоре после падения Константинополя — Русь стала главной хранительницей православной веры. Отныне Московское государство впервые обрело духовную независимость. В умах утвердилась мысль, что в мире есть лишь один истинный православный государь — русский царь. Это убеждение имело колоссальное значение для судеб православных народов Восточной и Южной Европы, которые с этого момента обрели в России влиятельного защитника и союзника. Патриаршество укрепляло и международный престиж России — известно, что на православном Востоке и католическом Западе Ивана Грозного отказывались признавать «настоящим» царем только потому, что венчал его на царство не первосвященник, а митрополит.
Годунов добился своего — с учреждением патриаршества высшее духовенство стало благосклоннее к правителю. Русская церковная иерархия поднималась на новую ступень: она состояла теперь из четырех митрополитов, шести архиепископов, восьми епископов. Казалось, что Москва и впрямь становится «Третьим Римом», государством истинной веры.
В начале 1590 года началась война со Швецией. Шведский король Юхан III требовал от России сдать главные пограничные крепости — Смоленск, Псков и Новгород. Он был уверен, что победа достанется ему без серьезных военных действий. У западных рубежей России, в Ревеле, уже полгода стояла десятитысячная шведская армия и сорок кораблей. Швецию поддерживала и Польша, королем которой после смерти Стефана Батория стал наследник шведского престола Сигизмунд III Ваза.