Война с Османской империей вызвала брожение на всех южных рубежах России. На Дону казаки сталкивались с калмыками, а на Яике, казалось, и вовсе вернулись времена Стеньки Разина. Атаман Васька Касимов захватил город Гурьев, а когда царские войска оттеснили его к морю, грабил туркменские и персидские города. В 1679 году начались волнения против правительства среди башкир и татар. Они прямо говорили: «Чигирин турки и крымцы взяли, и мы будем воевать, потому что мы с ними одна родня и душа». Им удалось взять Кунгурский острог и разгромить несколько деревень. Летом 1680 года более трех тысяч татар и калмыков сожгли посад в Пензе. В Южной Сибири действовали киргизы, особенно в Томском уезде и под Красноярском.
Обострилось положение и на севере Сибири — если прежде русские почти не встречались там с сопротивлением, то в 1677 году тунгусы осадили Охотск, а в 1679 году вооруженные стычки происходили в Западной Сибири под Обдорском и в Якутии. Гнев населения был вызван жестокостями, самодурством и поборами царских чиновников, причем в некоторых случаях против них восставали и русские служилые люди.
В конце 1670-х годов прибавился новый, очень серьезный повод для бунтов — раскол. Многие старообрядцы из тех, что примкнули в свое время к движению Разина, остались жить на Дону. Казаки их не трогали, хотя предупреждали, что если будет на то государева воля, то разорят скиты и пустыни немедленно. Особенный успех проповеди раскольников имели в Сибири. Они не боялись выступать на площадях, срывали церковные службы, распространяли «прелестные листы». Проповедников били, заключали в тюрьмы, но их последователей власти пока старались переубедить. Старообрядцы, однако, редко шли на переговоры с «антихристовой властью». С их точки зрения, «последние времена» уже наступили, близился конец света, и спасти от «никоновской мерзости» могло лишь «огненное крещение» — массовое самосожжение. Впервые такое случилось в 1672 году в Нижнем Новгороде и с тех пор повторялось все чаще. В 1677 году в Тобольском уезде закончили жизнь в огне более 1700 единомышленников монаха Даниила. У Даниила нашлись последователи, в особенности среди крестьян, готовые «в огне гореть, как у Данилы священноинока пострадали». Беглецов в «пустыни» и гарей становилось все больше, а в 1681 году «раскольничьи листы» распространялись уже в Москве.
Старообрядцы считали самосожжение «неоскверняемым крещением огнем» и шли на него для того, чтобы «не погибнуть зле духом своим». А зло олицетворяла светская и духовная власть, проводившая никоновскую реформу. Никона же раскольники давно считали Антихристом. Верной приметой его пришествия, по их мнению, стала чума 1654 года и последовавшие за ней небесные знамения. Архимандрит Новоспасского монастыря Спиридон рассчитал, что пришествие Антихриста состоится в 1666 году, а царство его продлится три года, после чего настанет конец мира. Когда конец света в указанный срок не наступил, это истолковали как отсрочку, которая дана людям на искупление грехов. Полагали, что продлится она 33 года — ведь таков был и срок земной жизни Христа. Времени для искупления грехов оставалось мало, а очистительный огонь давал спасения всем и немедленно.