Шакловитого казнили, Софью заключили под стражу в Новодевичьем монастыре, ее фаворита Голицына отправили в ссылку. Оставался еще соправитель Петра, Иван, но тот никакого участия в политике не принимал. Иностранные дипломаты того времени иной раз даже забывали упомянуть о нем в своих донесениях.
6 октября 1689 года Петр торжественно прибыл в Москву. Его встречали с восторгом и надеждой — Софья не пользовалась популярностью. Но реальная власть перешла к 25-летнему Льву Кирилловичу Нарышкину, младшему брату царицы. Важную роль продолжал играть и Борис Голицын, хотя хлопоты за двоюродного брата не позволили ему получить высокую должность.
Петр как будто не стремился к власти. Продолжая свои военные занятия, он приобрел нового друга — швейцарца Франца Лефорта, с 1678 года состоявшего на русской службе. Именно Лефорт познакомил Петра с первой красавицей Немецкой слободы Анной Моне. На пирах у Лефорта собиралось чуть ли не все население Немецкой слободы — люди бывалые, знающие ремесло и повидавшие мир. Для Петра общение с ними стало первым знакомством с Европой. Петр стремился к этим людям, чураясь старой Руси, всеми силами противившейся иноземному влиянию. В том мире, который Петр создал вокруг себя, заскорузлой русской «самобытности» не было и в помине. Вот лишь некоторые из увлечений молодого царя: потешные походы, постройка яхты и прогулки на ней по Москве-реке, образование гвардейских Преображенского и Семеновского полков, создание святотатственного «всешутейшего и всепьянейшего собора», организованного по образцу церковной иерархии, маневры озерной флотилии на Плещеевом озере, поездки в Архангельск и первые выходы в море (именно тогда Петр придумал бело-синекрасный флаг, которому суждено было стать государственным флагом России)…
А между тем патриарх Иоаким пригрозил отлучить от церкви тех, кто бреет бороды; запретил иноземным офицерам присутствовать на парадном обеде по случаю рождения царевича Алексея (28 февраля 1690 года). Петру не довелось вступить в схватку с этим ярым противником всего иноземного — в марте 1690 года Иоаким умер. Когда встал вопрос о выборе нового патриарха, Петр не смог провести своего кандидата, псковского митрополита Маркелла — тот показался слишком ученым, ибо владел «варварскими» языками — латынью и французским. Патриархом был избран Адриан, такой же ревнитель старины и бескомпромиссный борец с расколом, как и его предшественник. Ситуация обострилась до такой степени, что когда Петр в 1692 году тяжело заболел, многие его друзья и иностранцы готовились покинуть Москву, зная, что Софья и приверженцы старины не простят им добрых отношений с царем.