Особое значение имела необычайная длительность войны. В отличие от Ливонской, в которой военные действия временами вовсе прекращались, в Северной войне одна кампания сменялась другой. Войска не расформировывались, и армия постепенно превратилась в профессиональную. Служба становилась пожизненной, на отставку могли рассчитывать лишь больные и увечные. Уже в 1705 году был проведен первый «настоящий» рекрутский набор, и с тех пор они проводились ежегодно. В результате армия с 52 тысяч человек в 1703 году увеличилась к концу царствования Петра до 200 тысяч, не считая стотысячного нерегулярного войска (казаки, татарская конница и т. д.). Одновременно создавался и флот. К 1724 году в его составе было 48 линейных кораблей, около 800 галер и множество мелких судов. По всей стране возводились крепости (Санкт-Петербург и его окрестности должны были стать мощным укрепрайоном), строились металлургические и оружейные заводы. Все это требовало усилий огромного количества людей. Привлечь их можно было только принудительно. Это касалось и дворян — отныне их служба становилась пожизненной и обязательной.
Тяготы военного времени отзывались взрывами недовольства в народе. Толки о «царе-антихристе» шли уже не первый год. Церковь их поощряла. В 1700 году, когда умер патриарх Адриан, Петр воспользовался моментом и не позволил избрать нового патриарха. Место долго оставалось вакантным, пока в 1721 году Петр не упразднил его совсем, создав подотчетную императору Духовную коллегию (впоследствии она стала называться Священным Синодом). После этого церковь окончательно утратила независимость.
В первые годы войны антиправительственные выступления удавалось сдерживать, но в 1705 году вспыхнуло восстание в Астрахани. Хотя астраханское выступление, к радости властей, не встретило поддержки у донских и яицких казаков, правительство отнеслось к нему со всей серьезностью, направив на подавление мятежа князя Бориса Шереметева с войском. Бои с восставшими продолжались три дня. Шереметев принудил астраханцев сложить оружие, потеряв при этом двадцать человек. Сколько народу убили в Астрахани при усмирении бунта, не известно, но из тех бунтовщиков, что были отправлены в Москву, в ходе следствия и последовавших казней погибло 365 человек.
Не прошло и года, как начались выступления в Башкирии, носившие антирусский характер. В 1707 году некий уфимский житель провозгласил себя святым и султаном. Когда он появился на Северном Кавказе, в Чечне, горцы признали его своим владыкой. К ним присоединились кумыки, часть казаков-раскольников и татар. Они сожгли Терскую крепость и собирались идти к Астрахани, однако правительство подавило это выступление. Но волнения в Башкирии продолжались еще несколько лет, охватив пространство от Камы до Нижнего Поволжья. В 1709 году губернатор Казани Петр Апраксин сообщал, что в общей сложности с начала бунта мятежники разорили более 300 деревень, а 12 705 человек погибло и уведено в плен.