В Ярославль гонцы из Углича прибыли глубокой ночью. Сразу же ударили в набат. Собравшемуся народу объявили, что царевич Дмитрий зарезан. Не забыли уведомить об этом и английского посланника Джерома Горсея, который был тогда в Ярославле. Ночью к нему явился Афанасий Нагой и сказал, что «царевич Дмитрий скончался, дьяки перерезали ему горло, слуга одного из них сознался под пыткой, что они посланы Борисом, царица отравлена и при смерти…». Донесение о смерти царевича ушло в Англию.
Слухи о причастности Годунова к смерти царевича ползли и по Москве. В конце мая город сильно и часто горел, и в пожарах тоже винили приближенных правителя. Власти схватили нескольких поджигателей, которые заявили, что действовали по поручению Афанасия Нагого. После этого судьба Нагих была решена.
Уже в начале июня комиссия Шуйского представила свои выводы высшим духовным лицам государства. Патриарх строго осудил «измену» Нагих и угличан. Царь Федор немедленно приказал схватить виновных в измене и провести еще одно расследование — на этот раз по поводу подстрекательства к бунту. Сразу же начался «розыск». Приговор был объявлен лишь на следующий год. Мать Дмитрия постригли в монахини и заключили в монастырь на Белоозере, Афанасия Нагого с братьями бросили в тюрьму, а многих его холопов казнили. Сотни жителей Углича сослали в Сибирь. Вместе с ними в ссылку отправился и большой колокол Углича, набат которого собирал бунтовщиков.
Порядок в стране удалось восстановить в самый последний момент: 4 июля 1591 года крымско-турецкое войско численностью до ста тысяч человек подошло к южным окраинам Москвы. В течение дня продолжались стычки с русским войском, сосредоточенным близ Данилова монастыря, а ночью случился короткий бой с применением артиллерии и даже тяжелых пушек, бивших со стен Москвы. Ночная пальба и вылазки русской конницы вызвали в рядах противника такое смятение, что вся татарская рать бросилась бежать и бежала без остановки до самой Оки. Многие татары были захвачены в плен, другие утонули на переправе. Как потом выяснилось, пальба началась случайно, а конные отряды воеводы выслали просто на разведку, но победа была бесспорной. Вся слава досталась Борису Годунову. Царь Федор пожаловал ему за нее золотой кубок, захваченный в ставке Мамая после Куликовской битвы.
Случайная победа над татарами под Москвой сыграла важную роль в войне со Швецией. Шведы лишились союзника и не смогли развить наступление на Новгород и Псков. Вялые военные действия продолжались еще некоторое время, но потом начались мирные переговоры, увенчавшиеся в 1595 году не слишком выгодным для России Тявзинским миром. По нему Россия возвращала себе часть крепостей и южное побережье Финского залива — иными словами, ситуация возвращалась к той, что существовала до Ливонской войны.