Однако вольные мысли в лекционных курсах и гуманное обращение с гимназистами не прошли для профессора безнаказанными. Белоусов не был революционером или заговорщиком. Но в атмосфере, когда ещё свежа была память о восстании декабристов, любое отступление от шаблона, любые проблески самостоятельности казались властям крамолой. И всегда находились люди, готовые подогреть настроения подозрительности и страха.
В Гимназии такую роль принял на себя М. В. Билевич, старший профессор юридических наук, один из тех бездарных преподавателей, которых Гоголь называл "школярами". Билевич имел основание для личной вражды к Белоусову, тоже юристу по специальности, преподававшему свой предмет гораздо успешнее, чем "старший профессор". В мае 1827 года Билевич подал в педагогический совет рапорт о том, что он "приметил у некоторых гимназистов" признаки вольнодумства, а последние явно проистекают от ложного преподавания естественного права. Белоусов, — прибавлял доноситель, — читает свой курс не по предписанным пособиям, а "по своим запискам".
И заварилась история, получившая название "дела о вольнодумстве". Профессура раскололась: с одной стороны — преподаватели, сочувствовавшие Белоусову: К. В. Шапалинский, И. Я. Ландражин, Ф. О. Зингер; с другой стороны — мелкие завистники, педанты и ретрограды: тот же Билевич, профессор русской словесности П. И. Никольский.
Началось следствие по "делу о вольнодумстве", и к допросу привлекали гимназистов. 3-го ноября в Конференцию (совет преподавателей) призвали Гоголя, и тот, согласно протоколу допроса, заявил, что свои объяснения Белоусов "делал по книге". Это значит, что Гоголь дал показания в пользу преследуемого профессора, стараясь оградить его от обвинений.
Увы, ни Гоголю, ни другим доброжелателям помочь Белоусову не удалось. Дело о вольнодумстве закончилось решительным разгромом передовой профессуры: Белоусов, Шапалинский, Ландражин, Зингер были уволены, а сама Гимназия преобразована в Лицей со специальным физико-математическим направлением. Произошло это несколько позднее, когда Гоголь уже оставил Нежин, но готовящаяся расправа, резко изменившаяся атмосфера отравила ему последние месяцы учения.
Поэтому, вероятно, Гоголь никогда не вспоминал тепло Гимназию. Вспоминал свою молодость, свою "юность", свою "свежесть", но не Гимназию как таковую.
Из преподавателей сердечно отзывался о Белоусове, сохранил с ним дружбу, встречался с ним, будучи уже известным писателем. А о нежинской профессуре в целом выразился энергично: "тамошние профессора больши́е бестии…"