Талантливые писатели, гнушаясь мещанством, откровенным разгулом приобретательства и собственничества, разочаровывались в буржуазно-националистических лозунгах. О себе Миколайтис говорил:
— Преподаю литературу. Преподавая, сам учусь, с большей самоотдачей, чем на школьной скамье. Но теперь книги и теории не производят уже того впечатления, как раньше. Теперь начала действовать сама жизнь — порою вдохновляюще, порою сокрушающе… Тогда я уже почувствовал острые противоречия в себе и в окружающем. Они заставляли углубиться в себя, анализировать, бунтовать, порою возбуждая светлые мысли и стремления, порою погружая в отчаяние.
В 1926 году в Литве произошел фашистский переворот. Политическая и идейная реакция еще усилилась. Мучительно размышляя о судьбе своего народа, Миколайтис начал удаляться от среды, в которой он вырос. С теологически-философского факультета, где преподавал, он перешел на факультет гуманитарных наук, на котором преобладало материалистическое мировоззрение. Ослабевшие уже до того связи Миколайтиса с клерикальными сферами окончательно порвались.
В 1931 году он начал писать роман "В тени алтарей", в котором представлен путь "освобождения поэта из ксендза".
— Я и сегодня не мог бы точно сказать, — пишет Миколайтис, — какова была моя цель, когда я брался за такую опасную в те времена тему. Мне кажется, я не имел какой-либо определенной цели. Просто грудь разрывалась от того, что собралось за долгие годы. Должен был это излить, высказать. Стало легче, но начались трудности другого рода.
Против автора поднялся весь клерикальный рой. Один епископ, скрывшись под псевдонимом, даже написал "контр-роман", где всячески превозносились сан и обязанности ксендза. В романе Миколайтиса официальные реакционные круги видели покушение на католическую церковь. Появление романа "В тени алтарей" действительно содействовало политическому банкротству клерикалов.
Роман "В тени алтарей" был крупнейшим прозаическим произведением в литовской литературе того времени. Миколайтис создал реалистическую картину эпохи, показав загнивание литовской буржуазии и особенно ее клерикальных слоев, которые в идеологической области занимали сильнейшие позиции.
Главный герой романа Людас Васарис размышлял:
— Что такое Литва, я не понимаю? Прежде думали, что это наш край, наша земля, наши люди, а теперь вижу, что это власть, президенты и чиновники. Они друг друга сменяют, сажают в тюрьмы, а большинство тащит, жульничает, берет взятки и обирает своих людей, а значит, ту же самую Литву.
Васариса поддерживает его дядя крестьянин, говоря: