Услышав новость, папа Иннокентий пришел в ярость. Все его надежды на примирение западной и восточной церквей рухнули. Будучи государственным деятелем, он ясно видел, какой пагубный эффект это событие имело на христианские интересы на Востоке. Что касается религиозного аспекта, раскол между двумя христианскими церквями продолжился, если не углубился. В светской среде это событие дало латинским баронам роковую возможность создать для себя маленькие королевства и княжества на обширных греческих землях. Там они могли строить замки, плести интриги и устраивать заговоры друг против друга, охотиться, пить греческое вино и забыть о Святой земле.
Обращение латинских интересов на земли и острова бывшей Византийской империи стало смертельным ударом для Отремера. Кто захочет воевать с закаленными мусульманскими воинами, особенно с крупными силами Египта, если можно стать правителем собственных удобных владений? В любом случае, хотя в дальнейшем Крестовые походы еще совершались, старый крестоносный дух стал быстро исчезать. Даже среди госпитальеров и тамплиеров старые идеалы все чаще оказывались забытыми и стала все больше чувствоваться растущая секуляризация. В случае ордена святого Иоанна она шла из-за явного доминирования военной касты. В 1236 году госпитальеры и тамплиеры оказались под угрозой отлучения от церкви, поскольку намеревались заключить союз с известной мусульманской сектой ассасинов.
Последние были ответвлением тайной мусульманской секты исмаилитов-фанатов, которые верили, что все действия морально не важны. Они устраняли своих противников, считая убийство средством политической борьбы, и, говорят, вызывали неистовство у своих сторонников, используя гашиш. Неудивительно, что папу возмутило намерение «воинов Христа» договориться с такими презренными представителями ислама. Факт остается фактом: госпитальеры и тамплиеры (как и византийцы до них) обнаружили, что, дабы выжить в условиях, существовавших на Востоке, необходимо дружить с мусульманами. В 1238 году папа издал буллу, обвиняющую госпитальеров в том, что они ведут скандальную жизнь и не хранят верность клятвам целомудрия и бедности. Он утверждал, что они жадные и порочные люди и злоупотребляют привилегиями, которые им дал их особый статус. Несомненно, многие из этих обвинений были справедливы, но вместе с тем орден был настолько богат и могуществен, что рыцари, поддерживая правящего папу на словах, могли позволить себе не обращать внимания на буллы, изданные в далеком Риме. Семена желания подавить богатые и независимые ордены были посеяны в начале XIII века. Это привело к сожжению в 1314 году последнего великого магистра тамплиеров Жака де Моле, к пыткам и казни многих членов ордена по обвинению в ереси, конфискации их земель и собственности. Госпитальерам повезло больше. К этому времени они уже нашли для себя другую роль.