О принципиальных разногласиях между философией Клагеса и национал-социализмом говорит судьба «Рабочей группы биоцентрических исследований», которая была создана в 1933 году инициативными студентами из Лейпцига. Со временем к работе группы, которая в том числе занималась исследованием и популяризацией философии Клагеса, присоединились специалисты из разных сфер, в том числе фольклорист Отто Хут, позже ставший начальником одного из отделов эсэсовского исследовательского общества «Наследие предков». Пару лет на деятельность этой организации никто не обращал внимания. Однако в 1936 году она попала в поле зрения гестапо, после чего ее работа была прекращена. Это нельзя назвать официальными репрессиями, так как, кроме запрета, никаких мер не было предпринято. В данном случае весьма показательным был один из пунктов обвинения, поскольку рабочая группа была признана идеологической, а не научной организацией, то ей инкриминировалось то, что «идейным ядром становилось мировоззрение Людвига Клагеса, а не мировоззрение Адольфа Гитлера». Как видим, космогоническая метафизика провозглашалась не соответствующей нормам национал-социализма, а Людвиг Клагес провозглашался то ли противником, то ли конкурентом Гитлера.
Негласный, так сказать, подспудный конфликт между поклонниками и противниками Людвига Клагеса достиг высшей степени своего накала в декабре 1937 года, когда философ отмечал шестидесятипятилетие. С одной стороны, он получил массу поздравлений, условно независимые от официального идеологического руководства НСДАП средства массовой информации разметили положительные рецензии на книги Клагеса. Самым решительным в своих действиях оказался обозреватель Рудольф Боде, который предпринял открытый выпад в сторону Розенберга. В частности он написал: «Нет смысла опровергать нападки противников Людвига Клагеса, о них все уже сказала физиогномика». В ответ на Клагеса усилились нападки в официальной прессе. В некоторых случаях это приводило к анекдотическим казусам. Например, 27 апреля 1938 года Альфред Розенберг выступал с лекцией в университете Мартина Лютера (Галле). Лекция была посвящена образу жизни и в значительной мере содержала критику позиций философии Людвига Клагеса. Удивительно, но присутствующие в аудитории студенты не стеснялись открыто выражать недовольство. Опасаясь потерять контроль над аудиторией, Розенберг был вынужден в буквальном смысле слова оправдываться. Он заявлял, что многие нападки на философа были недоразумением, что критика вызвана не личным отношением, а «неприятием уныния Клагеса» и т. д. Надо отметить, что отрицание идей Клагеса официальными представителями национал-социализма в итоге пошло на пользу пожилому философу. После окончания Второй мировой войны некоторые либеральные политики требовали, чтобы Людвига Клагеса интернировали из Швейцарии, а после возвращения в Германию он прошел денацификацию. Тогда в Швейцарии была создана специальная комиссия, которая по итогам специально проведенного расследования установила, что ни сам Людвиг Клагес, ни его идеи не имели никакого отношения к национал-социализму, а потому не было никаких причин интернировать его в Германию из кантона Цюрих.