В марте 1900 года от Болгарского правительства ему был пожалован офицерский крест Болгарской гражданской службы. В январе 1901 года Медников получает очередной чин — надворного советника и в этом же году ему был пожалован орден Святого Владимира 4-й степени, что давало ему право на потомственное дворянство.
Заведующий дворцовой агентурой генерал А.И. Спиридович, вспоминая свои первые дни службы в Московской «охранке», писал: «Я застал Медникова уже старшим чиновником для поручений, с Владимиром в петлице… Он уже выправил тогда все документы на дворянство, имел грамоту и занимался составлением себе герба».
На гербе фигурировала пчела, как символ трудолюбия, были и снопы. 12 июня 1901 года Указом Его Императорского Величества правительствующему Сенату Медников был включён в книгу потомственного дворянства.
Причины его карьерного роста содержатся во многих документах и делах в фондах ДП, Московского охранного отделения, Чрезвычайной следственной комиссии (далее — ЧСК) по расследованию действий министров и прочих должностных лиц, которые позволяют обрисовать деятельность Медникова в мельчайших подробностях.
В результате деятельности филёрской службы под руководством Медникова были сорваны многие подготовительные революционерами акции. При наблюдении выслеживались члены организаций, лица, проживающие нелегально, бежавшие с места ссылки. Затем следовали аресты членов партийных организаций, кружков, нелегальных типографий.
В 1902 году С.В. Зубатов был переведен в ДП, где возглавил Особый отдел. Вместе с собой он пригласил и Медникова, который с 1905 года руководил 1-м отделением Особого отдела. Оно занималось наружным наблюдением, дешифровкой документов, переводами иностранных текстов и фотоделом. Тесные и даже тёплые отношения Медникова и Зубатова сохранились н после их отставки, о чем свидетельствует их переписка.
Слабым местом Медникова, как уже отмечалось, была недостаточная его грамотность. Но окружение во многом помогало ему в оформлении его наработок, наблюдений, методики, которые он мог преподносить филёрам в устной форме и которые впоследствии легли в основу «Положения о филёрском Летучем отряде» (см. Приложение), «Положения о розыскных пунктах» и т. д.
В начале 1906 года Медников вновь собрался на пенсию и на этот раз добился своего. В апреле того же года состоялась его отставка, после которой он занимался хозяйством в своем «имении» и лечился от своих болезней. Уже будучи в отставке, он неоднократно задумывался над тем, чтобы рассказать об опыте своей работы. В письме к Зубатову от 3 декабре 1906 года он писал: