На этот раз сработали четко. Разведчик, стоявший с рацией во дворе, передал информацию другому, дежурившему возле машины. Автомобиль, управляемый Поповичем, остановился перед журналистом точно в нужный момент.
Согласно разработанному плану, водитель сказал, что переднее сиденье сломано, и предложил сесть назад. Но, едва Гонгадзе открыл заднюю дверь, как его буквально втолкнули в машину подскочившие с обеих сторон Протасов и Костенко.
На переднее пассажирское сиденье тут же сел Пукач. По показаниям водителя, сначала шеф распорядился ехать «в контору», то есть в сторону Амурской площади. По его распоряжению Протасов и Костенко «заломили» задержанному руки.
Где-то в районе Байкового кладбища мужчина сказал, что он журналист Гонгадзе, и спросил, куда его везут. Пукач, обернувшись с переднего сиденья, наклонил его голову вниз, достал резиновую палку и начал бить по спине, приказывая молчать.
Потом, по воспоминаниям соучастников, генерал принялся говорить что-то вроде: «Что ты делал возле американского посольства? Ты не американский шпион? Почему так хорошо говоришь по-украински?»
Гонгадзе отвечал, что произошла какая-то ошибка. Он, мол, журналист интернет-издания, а в посольство заходил только потому, что там работает его друг, у которого хотел занять денег.
На выезде на одесскую трассу остановились. Пукач подождал, пока их догонит автомобиль с сопровождавшими сотрудниками «наружки». Вышел и велел руководителю сопровождающих возвращаться на базу. Задержанного продолжали держать в том же положении с заломленными руками и опущенной вниз головой.
По рассказу обвиняемых, сначала они заехали в одно из сёл Белоцерковского района, где у Пукача жил тесть. Выйдя на минуту возле какой-то хаты, Пукач вернулся с лопатой и мотком верёвки.
Отъехав от села, выбрали неподалеку от дороги безлюдное место: справа — поле, впереди — лес. Когда шеф вместе с водителем вышли, пассажиры остались втроём.
По показаниям Костенко, Георгий опять говорил о том, что произошло недоразумение, приглашал похитителей к себе в офис, где можно было бы решить «все интересующие вопросы». Протасов, по его словам, успокаивал его, говорил, что сейчас придёт шеф и «все недоразумения выяснятся».
Тем временем Пукач велел водителю копать лопатой яму, и Попович взялся за дело. Шеф подгонял его, то и дело брался за лопату сам. На рытье могилы ушло 20 минут. Наконец руководитель милицейской разведки приказал вывести задержанного.
Выходя из машины, Георгий сопротивлялся, просил не убивать его, говорил, что ему обязательно нужно передать жене ключи от квартиры. С него сняли куртку и туфли. Положили возле ямы лицом вверх. Обыскали карманы, вытащили ключи и носовой платок. Платок сунули в рот жертвы.