1903 год принес новшества в жизнь Таврического розыскного отделения, главным из которых стала смена начальника. Вместо ротмистра Спиридовича, который был переведён в Киевское розыскное отделение, эту должность 24 января занял 27-летний поручик Николай Викторович Трещенков, который ранее был прикомандирован к Таврическому жандармскому управлению.
Другим нововведением стала смена названия органа политического сыска. С 13 февраля розыскные отделения официально переименовывались в охранные.
Закончив ликвидацию керченской организации, начальник Таврического охранного отделения приступил к некоторой перестановке кадров. Так, профессиональный старший филёр Александров был им переведён из губернского города в Севастополь, в котором на тот момент наметилась тенденция к антиправительственной агитации и пропаганде. В Симферополе же, из-за недостатка опытных кадров, заведование НН легло на плечи письмоводителя канцелярии Павла Дьячкова.
1 марта 1904 года отделение было упразднено по специальному распоряжению министра внутренних дел. Причиной такого решения стала общая нецелесообразность существования отдельных органов политического сыска почти во всех губерниях Российской империи, что приводило к многочисленным трудностям и противоречиям в их работе с местной жандармерией.
В будущем правительство пришло к выводу о необходимости существования «охранок» лишь в наиболее опасных в революционном плане городах и местностях. В скором времени весь политический сыск на территории губернии был возвращён в ведение Таврического ГЖУ.
Канцелярия охранного отделения была расформирована, а её архивы со списками секретных сотрудников передали жандармерии. Некоторое исключение было сделано для Севастополя. Из-за того, что этот город находился на особом учете политической полиции, там весной 1904 года из агентов и филёров бывшей «охранки» был учреждён специальный охранный пункт, подчинённый ГЖУ.
2 января 1903 года был учреждён Розыскной пункт Полтавского ГЖУ под наименованием Полтавского розыскного отделения, а в марте 1904 года реорганизован в розыскной пункт Полтавского ГЖУ.
27 мая 1904 года был учреждён Николаевский розыскной пункт, а 10 апреля 1907 года реорганизован в охранное отделение. С 26 июня 1913 года вновь стал розыскным пунктов, ведал политическим розыском в г. Николаеве и был подчинён Херсонскому ГЖУ. В 1907–14 годах входил в округ Южного РОО.
Так случилось, что Таврическое ГЖУ и Севастопольская жандармская команда не справились со своими задачами по борьбе с революционным «подпольем», поэтому в апреле 1906 года были утверждены штаты нового жандармского управления. В июле 1906 года в Севастополе ДП учредил розыскной пункт с распространением сферы его деятельности на города Ялту, Керчь, Феодосию и Евпаторию с уездами.