Наметились определенные улучшения в подготовке агентуры, причем в первую очередь на Дальнем Востоке. В начале 1906 года в Приамурском военном округе была организована школа разведчиков, готовящая кадры тайных агентов из числа китайцев. В Николаевской академии Генерального штаба введен курс лекций по истории и теории военного шпионажа, который читал генерал-майор В. Н. Клембовский.
В Главном управлении Генерального штаба разработали единую программу развития разведывательной службы в стране. В ней четко определялись задачи разведывательных отделений военных округов, в функции которых входило детальное изучение конкретных иностранных государств. Главное управление объединяло их деятельность и дополняло ее сведениями своей агентуры, разбросанной по различным странам.
В 1909 году сферы деятельности разведотделений военных округов распределялись следующим образом: Петербургский военный округ вел разведку в Швеции, Норвегии, Дании, Англии и Финляндии; Виленский – в Восточной Германии и Англии, Варшавский – в Германии и части Австро-Венгрии, прилегающей к границам округа; Киевский – в Австро-Венгрии; Одесский – в Румынии, Балканских странах и Европейской Турции; Кавказский – в Азиатской Турции и Персии, к западу от меридиана Ашур-Ада; Туркестанский – в Афганистане, Индии, Западном Китае, Кашгарии, Белуджистане и восточной части Персии; Омский – в Западной Монголии и частично в Китае; Иркутский – в Восточной Монголии, Маньчжурии и Северном Китае; Приамурский – в Японии, Корее и части Маньчжурии, прилегающей к границам округа.
В 1908 и 1910 годах созывались съезды старших адъютантов разведывательных отделений штабов военных округов, где обсуждались методологические и организационные принципы работы разведывательных органов. Но, несмотря на все изменения к лучшему, серьезным тормозом в работе разведки оставалось ее недостаточное финансирование.
Общая картина состояния военной разведки Российской империи в указанное время хорошо видна из краткого отчета, составленного полковником Н. А. Монкевичем 16 января 1909 года: «… политические события минувшего года предъявили ко всем органам Главного Управления Генерального штаба особенно большие требования, потому что напряженные отношения с Турцией в начале года, а затем события на Ближнем Востоке требовали с нашей стороны особенной бдительности с целью быть в любую минуту вполне осведомленными о всех военных мероприятиях наших соседей на том фронте, где возможно было ожидать вооруженного столкновения… Начиная с весны 1908 г. Главным Управлением Генерального штаба были предприняты меры по значительному усилению негласной разведки сначала только в Азиатской Турции, а затем и во всей Турции, в прочих Балканских государствах и особенно в Австро-Венгрии… Это усиление удалось осуществить исключительно лишь благодаря экстренному ассигнованию Советом Министров дополнительных 70 тыс. рублей, так как в противном случае скромный бюджет Главного Управления на разведку не позволил бы принять тех мер, которые были необходимы.