1 Обнаружение нуклеиновой кислоты SARS-CoV-2
1.1 Сбор образцов
Для повышения чувствительности обнаружения важна «правильность» образцов, а также способов и сроков их сбора. Можно выделить следующие виды образцов: образцы из верхних дыхательных путей (мазки из зева, мазки из носа, носоглоточные секреты), образцы из нижних дыхательных путей (мокрота, секреты дыхательных путей, жидкость бронхоальвеолярного лаважа), кровь, кал, моча и конъюнктивальные секреты. Мокрота и другие образцы из нижних дыхательных путей имеют высокий коэффициент позитивности нуклеиновых кислот, их сбор является предпочтительным. SARS-CoV-2 разрастается преимущественно в альвеолярных клетках II типа (АТ2), а пик вирусовыделения наступает через 3–5 дней после начала болезни. Таким образом, если тест на нуклеиновую кислоту вначале отрицательный, следует продолжить сбор проб и протестировать их в последующие дни.
1.2 Обнаружение нуклеиновой кислоты
Анализ на нуклеиновые кислоты — предпочтительный метод диагностики инфекции SARS-CoV-2. Процедура тестирования согласно приведенным в наборе инструкциям выглядит следующим образом: Образцы подвергаются предварительной обработке, и вирус подвергается лизису для вычленения нуклеиновых кислот. Три специфических гена SARS-CoV-2, а именно: открытая рамка считывания 1a/b (ORF1a/b), гены нуклеокапсидного белка (N) и белка оболочки (E) — затем амплифицируются по методике количественной ПЦР в реальном времени. Амплифицированные гены обнаруживаются интенсивности флуоресценции. Назовем критерии положительных результатов анализа на нуклеиновые кислоты: Положительный тест на ген ORF1a/b и (или) ген N (ген E).