И помимо наблюдений с помощью телескопов, при некоторой доле удачи после рандеву с Юпитером, «Новые горизонты» должны были на своем пути к Плутону пролететь целых 160 млн км вдоль хвоста бушующей магнитосферы Юпитера. Это делало возможным проведение совершенно нового, ранее беспрецедентного класса наблюдений за магнитосферой гигантской планеты с помощью измерителя параметров частиц солнечного ветра SWAP и спектрометра энергетических частиц PEPSSI. Ничего подобного ранее никогда не делалось, потому что ни один космический аппарат никогда не погружался так глубоко в магнитосферу планеты-гиганта. В целом было запланировано около 700 наблюдений в системе Юпитера, где были задействованы все семь научных приборов «Новых горизонтов».
Пролет Юпитера, который предусматривал начало наблюдений при приближении к планете, а потом и при удалении от нее, пришелся на период с января по июнь 2007 г. и был чрезвычайно успешным. Навигационная команда точно провела аппарат через точку наведения. Вдобавок все многочисленные проверки «Новых горизонтов» и приборов прошли хорошо, и космический аппарат собрал большую коллекцию наблюдений, благодаря которым в конце концов попал на обложку престижного научного журнала Science.
Возможно, самый феерический результат пролета Юпитера удалось получить благодаря слепой удаче. При планировании пролета команда понимала, что будет возможность провести несколько совершенно новых исследований тонких пылевых колец Юпитера. Тем не менее в команде «Новых горизонтов» не было ни одного эксперта в этой области. Поэтому «на борт» вызвали специалиста по кольцам планет Марка Шоуолтера. Он разработал пятикадровый фильм, который должна была снять камера LORRI как раз в тот момент, когда спутник Юпитера Ио будет проходить перед главным юпитерианским кольцом. Марк хотел сделать карты кольца в высоком разрешении, когда Ио заслонит его. Но когда снимки добрались до Земли, команда была потрясена, обнаружив, что вдобавок к тому, что эта цель была достигнута, на фотографии попал один из самых крупных вулканов Ио Тваштар, выстреливающий гигантский шлейф газов с северного полюса спутника. Вулканы Ио много раз фотографировали до этого: и «Вояджеры», и «Галилео» делали потрясающие кадры вулканических шлейфов, вылетающих с Ио в космическое пространство. Но до «Новых горизонтов» ни разу не удавалось сделать серийную съемку ни одного вулкана вне Земли с временны́м интервалом. Результат получился выдающимся: сверкающий фонтан вещества извергался с Ио в космос и падал по баллистической траектории обратно на его поверхность. Это было незабываемое зрелище, имеющее научную ценность.