После того как этапы по исправлению ошибок прошли, главная последовательность была «окончательно утверждена» с помощью тщательно выверенного процесса «никаких изменений без скрупулезных проверок и одобрения», который называется «управление конфигурацией проекта». Это необходимо, чтобы удостовериться: любые изменения, даже самые незначительные, будут внесены в программу только после тщательных, суровых проверок. Еженедельные собрания группы под названием «Совет по контролю изменений встречи с Плутоном» (Encounter Change Control Board, ECCB) проводили, чтобы оценить требования к изменениям в основной программе и нескольких других последовательностей команд, которые будут управлять «Новыми горизонтами» с мая по июль 2015 г. Совет возглавлял Алан, в него входили главный инженер Крис Херсман, менеджер проекта Глен Фонтейн, глава группы управления полетом Элис Боуман, старший научный сотрудник проекта Хол Уивер, глава группы PEP Лесли Янг и менеджер встречи с Плутоном Марк Холдридж.
Одновременно с разработкой последовательностей команд пролета Плутона сотрудники проекта также внимательно изучали все, что может пойти не так во время встречи с Плутоном, и искали пути, с помощью которых они или космический аппарат смогут отреагировать на любую ситуацию и исправить ее. К такому способу разработки процедур в случае отказа оборудования или возникновения неисправностей прибегают во всех космических экспедициях, и он особенно важен для тех полетов, в которых есть только одна попытка выполнить цель миссии, как при пролете Плутона.
Большая часть усилий по подготовке решений потенциальных проблем легла на плечи главного инженера-системотехника Криса Херсмана. Человек чрезвычайно наблюдательный, известный своим вниманием к деталям и в подробностях знающий обо всем, связанном с аппаратом, Херсман составил план на каждый из 264 возможных отказов космического аппарата, наземных систем, а также других проблем, которые могли возникнуть. Эта обширная работа, на выполнение и претворение в жизнь которой потребовалось три года, касалась каждой стороны проекта. Херсман пошел гораздо дальше, изучив не только то, что может случиться с космическим аппаратом, но и то, что может случиться с командой или с самим центром управления полетом. Так, например, была запланирована подготовка заместителей для всех ключевых людей экспедиции на тот случай, если кто-то не сможет выполнять свои обязанности во время пролета из-за проблем со здоровьем, автомобильных аварий или по семейным обстоятельствам. Также Крис убедился, что разработаны, прошли независимую проверку и введены в повседневную практику подробные инструкции для операторов полета о том, как действовать в случае десятков различных отказов приборов космического аппарата, слишком сложных для того, чтобы автономная система управления «Новыми горизонтами» справилась с ними самостоятельно. Крис даже позаботился, чтобы в случае пожара или атаки террористов (в конце концов, в 2015 г. «Новые горизонты» будут лакомой целью) у проекта был полнофункциональный и прошедший все проверки второй ЦУП в другом конце кампуса Лаборатории прикладной физики. Каждый из 264 резервных планов Херсмана проверили инженеры проекта, которые также искали в них слабые места, а затем передали для одобрения Глену и Алану. Все это обсуждалось в течение двух десятков доскональных, многочасовых собраний, проходивших в период с 2011 до 2014 г.