Тем не менее этот способ сам по себе создавал большую проблему. Если «Новым горизонтам» придется лететь с антенной по направлению полета, то это лишит его возможности наводить камеры и делать снимки Плутона и спутников. Поэтому, хотя полет «антенной на таран» и защитил бы аппарат от разрушительного удара, он значительно сократил бы его способности увидеть важные для науки цели. Подсчет того, насколько сильно это повредит научным исследованиям во время пролета, стал задачей для Лесли Янг и ее команды PEP. Они высчитывали потерю наблюдательных возможностей для каждой траектории SHBOT и сравнивали ее с планом пролета, который они же с особой тщательностью готовили и улучшали.
Идти на компромиссные варианты из-за SHBOT было тяжело, и из-за них иногда разгорались серьезные споры. Джон Спенсер вспоминает некоторые из бушевавших тогда дискуссий: «Множество, а, возможно, и большинство важных научных наблюдений будут урезаны или вообще отменены, если мы выберем траекторию SHBOT „антенной на таран“. Разумеется, людям не нравилась такая перспектива. Поэтому было множество горячих споров о том, целесообразно ли прибегать к траекториям SHBOT».
Но Алан был непреклонен:
Я смотрел на это с холодком. Все, что мы делали для исследования Плутона начиная с 1989 г., было поставлено на кон, в зависимости от успеха этого пролета. Если космический аппарат будет разрушен вблизи Плутона, у нас не только не будет возможности вести наблюдения с этого момента, но мы потеряем и все данные, полученные в ходе предыдущих наблюдений. Если мы лишимся нашего детища во время пролета, мы не получим практически никакой информации, кроме той, которая будет передана заранее, на случай аварии. Как я понимал, в этом случае в сухом остатке у нас будет почти ноль: мы очень мало узнаем о Плутоне и его спутниках. Если нам действительно предстоит столкнуться с риском потенциальной катастрофы, я бы с радостью поменял высокие научные достижения оптимального пролета на низкие достижения при пролете по траектории SHBOT, потому что скромные результаты гораздо лучше нулевых. Это было не то, чего бы мне хотелось, но я не собирался отказываться, если это был единственный возможный выбор, который мы должны были сделать.