После колледжа Марк поступил в аспирантуру университета штата Аризона в городе Тусоне. Он успел вовремя получить докторскую степень в 1985 г., поскольку как раз в это время и начинались взаимные затмения Плутона и Харона. Марк:
Нам повезло открыть Харон как раз перед тем, как начались взаимные затмения, поэтому нам выпала замечательная возможность — шесть лет наблюдений, благодаря которым с того времени Плутон попал в повестку дня всех крупных научных конференций планетологов, а также получил еще одно очко в коллективном научном сознании.
В середине 1980-х гг. несколько групп наблюдателей ждали начала предсказанных затмений, но никто точно не знал, когда же произойдет первое из этих событий. Впервые его засек молодой ученый по имени Ричард «Рик» Бинзель в феврале 1985 г. Затем, поскольку стало известно, что события начались и Плутон и Харон отбрасывают друг на друга тень каждые 3,2 суток, в игру вступили и другие наблюдатели, и это обеспечило просто лавину новых данных, в том числе интересные подсказки об особенностях поверхности и удивительные различия между этой парой небесных тел. Как сказал Марк, благодаря этим затмениям «Плутон вышел на авансцену».
1980-е гг. подходили к концу, и близилось к завершению выдающееся исследование планет-гигантов зондом «Вояджер-2», кульминацией которого должен был стать пролет мимо Нептуна и спутника Нептуна Тритона, имеющего размер планеты.
С приближением окончания исследования четырех гигантских планет группа молодых ученых, находящихся в самом начале своей карьеры и вдохновленных дерзостью и почти мифологической успешностью проекта «Вояджер», начала мечтать и строить планы о том, как сохранить дух первооткрывательства и стремление к нему, о том, как пойти дальше и исследовать Плутон.
В 1988 г., еще учась в аспирантуре, Алан начал обдумывать возможность послать непилотируемую экспедицию к Плутону. Он видел, что первым и, в какой-то мере, главным препятствием для нее являются, скорее, не технические или научные причины, а социальные и политические.
Для того чтобы добиться успеха, идея нуждалась в достижении некоей критической массы поддержки внутри NASA и в научном сообществе. Алан знал, что благодаря взаимным затмениям Плутона и Харона удалось получить много потрясающих данных, которые создали совершенно иное представление о Плутоне, показав, что он является весьма экзотической планетой. А открытие в конце 1980-х гг. атмосферы Плутона только добавило хвороста в этот костер. Алан понимал, что возрастающий научный интерес к Плутону можно будет использовать для поддержки идеи непилотируемой экспедиции к нему.