На этапе предложения и начальной разработки и строительства аппарата руководителем проекта в Лаборатории прикладной физики был Том Кофлин. Когда в конце 2003 г. Том вышел на пенсию по состоянию здоровья, Том Кримигис попросил Алана заменить Кофлина человеком по своему выбору. Алан высказался за кандидатуру Глена Фонтейна.
Глен был очень опытным менеджером проектов и ветераном многих космических полетов Лаборатории прикладной физики, у него сложились близкие и доверительные отношения с Аланом. Как и Клайд Томбо, Глен вырос в маленьком фермерском городке в Канзасе и в итоге занялся исследованием самых дальних рубежей Солнечной системы.
Во время работы над проектом «Новых горизонтов» Глен руководил инженерным отделом космического отделения Лаборатории прикладной физики и помогал с технической разработкой экспедиции. «Вообще-то, — вспоминает Глен, — Алан приехал и жил через коридор от меня в течение трех месяцев, пока мы составляли проект». Позднее, после того как «Новые горизонты» победили в конкурсе, Глен стал ключевым человеком для «получения одобрения на старт с источником атомной энергии», проведя рейд через лабиринт законодательных ловушек, чтобы запустить космический аппарат, получающий энергию от плутония.
В Юго-Западном исследовательском институте Билл Гибсон был одновременно и менеджером проекта, и менеджером по полезной нагрузке, ответственным за то, чтобы все семь научных приборов были разработаны, изготовлены и проверены. Также он отвечал за повседневный бюджет, расписания и работу с подрядчиками. Гибсон был самым опытным менеджером Юго-Западного института, которому приходилось работать с космическими аппаратами, а также человеком, прекрасно умеющим взаимодействовать с людьми. Его голос с мягким южным акцентом помогал примирить оппонентов даже на самых напряженных совещаниях, где принимались непростые решения.
И в Юго-Западном исследовательском институте, и в Лаборатории прикладной физики «Новые горизонты», вызывающая повышенный интерес «первая экспедиция к последней планете», привлекала самых лучших специалистов, какие только были, как из лидеров инженерных команд, так и из групп управления полетом. В нее набирали звездные команды из талантливых и преданных своему делу менеджеров на пике их карьеры, имеющих большой технический опыт и неистощимую энергию. Изнурительное четырехлетнее расписание проектирования / строительства / проверок / запуска требовало очень многого. Также из-за него приходилось постоянно путешествовать, работать по ночам, по выходным и в праздники и, кроме того, неуклонно стремиться к идеалу, потому что в расписании не было времени на переделки, а также не имелось ни второго космического аппарата, ни ракеты-носителя на случай, если с «Новыми горизонтами» что-то пойдет не так.