Со старшинскими погонами и знаками отличия вернулись братья Чухаревы с Миртой в родной Копейск по окончании срока службы. Работая на заводе, где трудились их родители, параллельно поступили и обучались в Свердловском горном институте на заочном отделении, которое успешно окончили в 1977 году. Но военная служба сильно запала в душу, и когда при воинской части открылась школа прапорщиков, Евгений поступил в нее. Окончив школу, начал служить по контракту кинологом во внутренних войсках, где дослужился до должности начальника кинологической службы дивизии МВД РФ.
Истекал срок службы по контракту, и перед Евгением Николаевичем встал вопрос: что делать? В Челябинском клубе служебного собаководства он узнал о школе-питомнике «Красная звезда», готовящей вожатых и собак для армии, и, ни минуты не колеблясь, поехал в город Дмитров, где находилась знаменитая школа. В 1978 году его приняли на службу по контракту, и он принял учебный взвод, который вскоре вывел на 1-е место в школе по боевой и политической подготовке. За проявленные организаторские способности и отличные показатели в боевой и политической подготовке Е. Н. Чухарев как лучший командир взвода школы был назначен командиром учебной роты.
В 1979 году Чухачев экстерном сдал экзамены за полный курс Московского высшего общевойскового командного училища им. Верховного Совета РСФСР. Впоследствии, в 1990 году, уже будучи зачислен в ряды Вооруженных сил СССР, он окончил Высшие офицерские курсы «Выстрел».
С 1982 по 1984 год Чухарев в составе ограниченного контингента советских войск исполнял интернациональный долг в Афганистане. Там он создал кинологическую службу 40-й армии. Начав службу практически с нуля, Евгений Николаевич создал такую службу, которая оказалась востребована и во время военных действий, и в мирной жизни: в стране шла минная война, карт минных полей не было, к тому же в Афганистане стали применяться мины в неметаллических оболочках, да и железнорудные аномалии делали применение миноискателей невозможным. К сожалению, опыт применения минно-розыскных собак в годы Великой Отечественной войны был за ненадобностью не востребован, а вернее — утрачен. Пришлось все восстанавливать заново. К счастью, к этому времени еще были живы участники войны, создатели этой службы: генерал-майор Г. П. Медведев, подполковник А. П. Мазовер и другие. Благодаря их мудрым советам была создана в войсках, находившихся в Республике Афганистан, разветвленная сеть кинологических постов. Это послужило основой для практического применения минно-розыскной службы в Афганистане, завоевания ею огромного авторитета в войсках, что позволило на основе боевого опыта делать правильные выводы и принимать радикальные решения для дальнейших боевых действий.