Шефер был охотником, натуралистом и биологом. Две его предыдущие тибетские экспедиции, имевшие место в 1931–1932 и 1934–1936 годах, были следствием изучения материалов, переданных германскому резиденту Я. Блюмкиным. Однако внутренние политические процессы, происходившие в Германии в начале 30-х годов, повлияли на подготовку и целеполагание экспедиций Э. Шефера, потому они носили скорее приключенческий характер, а также были посвящены исследованиям в области зоологии. Однако третья экспедиция была организована обществом «Аненербе». Германия не была заинтересована в том, чтобы предоставить Тибету военную помощь или покровительство, чтобы не осложнять отношения с союзной Японией. Это ясно видно из состава делегации. Помимо Шефера в нее входили антрополог, геофизик, кинооператор и технический руководитель. Немцы привезли с собой из экспедиции множество черепов и ряд других артефактов для дальнейшего изучения.
Согласно нацистским оккультным источникам, экспедиция также искала поддержки для Германии у учителей Шамбалы, хранителей тайных паранормальных сил. Лхаса настороженно отнеслась к немецким просьбам, но экспедиция, тем не менее, получила согласие от оккультных учителей дать знания о подземном царстве Агарту (Агарти – Колыбель человечества), для чего в Германию прибыл ряд тибетцев, владевших соответствующими тайными знаниями. Возглавлял консультантов один из тибетских лам. Нацистскому руководству были продемонстрированы удивительные для того времени технологии, включая миниатюрные телекамеры, передающие изображения без проводных сетей. Однако, начавшаяся Вторая мировая война, жестокости фашистов, огромные жертвы и разрушения, вызвали у тибетских лам настороженное отношение к Гитлеру и к Германии в целом. Тибетцы свернули сотрудничество с Третьим рейхом и убыли в Лхасу. В дальнейшем больше не состоялось ни одной германской экспедиции в Тибет. Но тем не менее от Блюмкина и тибетских консультантов они получили знания и технологии, которыми не обладали другие страны, что во многом и явилось причиной той военной мощи, с которой Германия начала Вторую мировую войну. Спустя несколько месяцев после экспедиции Шефера на политической и военной аренах произошли драматические изменения. В мае 1939 года Япония вторглась во Внешнюю Монголию, встретив там ожесточенное сопротивление Красной армии. В разгар сражений в Монголии в августе 1939 года Гитлер разорвал Антикоминтерновский пакт с Японией, подписав германо-советский договор, чтобы избежать одновременной войны на два фронта в Европе. В следующем месяце он вторгся в Польшу; примерно в это же время Япония потерпела поражение в Монголии. Все происходящее показало тибетцам, что ни Япония, ни Германия не являются надежной защитой от Советского Союза. Более того, отсутствие заметного прогресса в завоевании оставшейся части Китая заставило Японию переключить свое внимание на Индокитай и Тихоокеанский регион. Япония перестала выступать в роли защитника от китайцев. Итак, единственным выбором, оставшимся у Тибета, была Британия и та ненадежная защита, которая была обещана Шимлским договором.