Акоста решил вернуться к вере своих предков. В то время в Португалии легально сделать это было равносильно тому, чтобы подписать себе смертный приговор. Поэтому тайно в 1614 г. он вместе с матерью, сестрой и четырьмя братьями покидает Португалию и переезжает в Нидерланды. Семья Акосты поселилась в Амстердаме, где все ее члены вернулись в иудаизм.
В 1622 г. Акоста написал книгу, в которой выступил не против религии, а против некоторых бессмысленных в его понимании ритуалов и сомнительных положений, мифов о бессмертии души, назвал нелепостью выдумку о чистилище души. «Что же касается церемоний, обрядов, уставов, десятин — это хитроумнейший обман, позволяющий бездельникам пользоваться чужим трудом», — писал Акоста. Он отстаивал свободомыслие, основанное на разуме, логике, а не на слепой вере. Акоста считал, что в природе действуют объективные законы, не подвластные Богу. Преступно, писал он, запрещать «людям мыслить, познавать законы… природы», наводить страх на людей и пугать их наказанием в загробной жизни. Он призывал наслаждаться не загробной, а земной жизнью, но не забывать Бога и выполнять Его заветы. Полемический трактат Акосты «О смертности души человеческой», написанный им в 1623 г., вызвал бурю негодования в среде верхушки еврейской общины Амстердама.
Правители общины вольнодумца Акосту решили проучить в назидание другим евреям Амстердама, чтобы держать их в повиновении. Акосту отлучили от общины и предали «анафеме». Его обязали явиться в синагогу в траурной одежде со свечой из черного воска для публичной порки, после чего он должен был лечь на пороге синагоги и все присутствовавшие должны были переступить через него. Акоста отказался явиться в синагогу. «Мое дело настолько правее вашего, насколько истина выше лжи. Вы стоите за обман, чтобы пленить людей и обратить их в рабов; я же борюсь за истину и естественную свободу людей, которым… надлежит, избавившись от суеверий и пустейших обрядов, вести жизнь поистине человеческую», — заявил он.
Тогда для философа-вольнодумца наступили тяжелые времена. Он был подвергнут всеобщему бойкоту, и даже все родственники, кроме матери, из страха отвернулись от него. Акоста даже был брошен в тюрьму, но затем освобожден за крупный денежный штраф, а его книга «Исследование фарисейских традиций в сравнении с писанным законом» (1624 г.) была подвергнута сожжению, как еретическая. Акосту стали избегать прежние друзья и единомышленники.
В 1633 г. Акоста попытался вернуться в общину, но Совет старейшин еврейской общины поставил ультиматум: он должен публично отказаться от своего учения. Семь лет Акоста боролся с руководителями общины, но те всё-таки вынудили его к публичному покаянию. Полуобнаженного Акосту публично бичевали плетью в синагоге. Затравленный и покинутый всеми, Акоста в 1640 г. покончил с собой.