Если Александром-воином двигали страсть и порой иррациональные желания, то в роли управленца он руководствовался практическими соображениями. Македонский опыт познакомил его со сложностями управления разнородными сочетаниями подданных и союзников. На родине его отцу были подчинены македоняне, чьим царем он являлся; граждане греческих городов, покоренных или основанных им и имевших некоторую степень автономии; граждане городов Фессалийского союза, которым Филипп руководил как главное должностное лицо. Члены Эллинского союза не подчинялись политической власти царя, но тем не менее повиновались его военному руководству. Эта конструкция создавалась постепенно в течение 20 лет правления Филиппа. После завоеваний Александра возникла куда более сложная ситуация. Он освободил греческие города Малой Азии, которые, вероятно, присоединились к Эллинскому союзу. Какое-то число городов он основал, хотя количество, указанное Плутархом (более 70), справедливо оспаривается. Их граждане были преимущественно греческими наемниками, воспитанными в традициях свободных греческих городов, однако новые города стояли на земле, завоеванной царем. Александр занял положение фараона в Египте и наследовал великому царю в качестве правителя над множеством этнических групп и зависимых региональных династов. Управлять такой империей было куда труднее, чем Киру I (ок. 550–530 г. до н. э.) и Дарию I (522–486 гг. до н. э.), основателям державы Ахеменидов.
Александр, конечно, понимал: для того, чтобы обеспечить беспрепятственный переход к нему власти от Ахеменидов, бесперебойный сбор подати и работоспособность административной системы, он нуждался в опытном аппарате. Ему пришлось обратиться к местным традициям управления. Местное население также было заинтересовано в быстром и ненасильственном возврате к повседневной жизни. В 331 году до н. э. Вавилон встретил завоевателя восторженно — как нового монарха. Такой прием был ясным выражением этого желания, на которое Александр ответил благоразумно. Он почтил уважением традиционных богов и оставил сатрапов на их постах, хотя и направил в провинции для укрепления своей власти македонских военачальников. Он воссел на трон великого царя в Сузах в декабре 331 года и принял иноземные знаки власти, которые любой грек тут же счел бы варварскими, — например, персидское царское платье. Он посетил гробницу Кира в Пасаргадах и похоронил Дария в царской усыпальнице. Он пытался ввести персидский ритуал общения монарха с подданными, известный как проскинесис — поклон или коленопреклонение перед царем — и использовавшийся греками лишь в общении с богами; сопротивление двора заставило его оставить этот план. Его женитьба на Роксане, дочери локального правителя из Согдианы, установила прочную связь с местной иранской аристократией. Он признал Пора, одного из наиболее способных военачальников, когда-либо противостоявших ему, правителем наиболее отдаленных восточных земель. Он набрал в свою армию 30 000 иранцев, обученных на македонский манер, и принял в македонские кавалерийские части лучших иранских наездников. К концу своего правления Александр окружил себя персидскими телохранителями. Он признал связь 10 000 воинов с местными, главным образом иранскими, женщинами браком, а их детей — законными. На массовой свадьбе в Сузах 90 ближайших его товарищей женились на иранках по персидскому обычаю; на этой свадьбе Александр и его близкие друзья Гефестион и Кратер взяли в жены представительниц персидской царской семьи.