Руководство сельскохозяйственного НИИ на ст. Отар (ДНИСХИ) покинуло его в конце 1991 года [11]. Потом настало долгое безвременье. Летом 2003 года пресса сообщила, что американские власти выделили средства на завершение переоснащения института. Демонтаж оставшегося оборудования биологической войны должен был начаться в первом квартале 2004 года.
В настоящее время противочумной институт в Алма-Ате координирует работу 8 противочумных станций в Казахстане. Он назван одним из четырех противочумных центров ВОЗ в Центральной Азии. Численность персонала сократилась здесь вдвое по сравнению с той, что была до 1992 года [11].
Официально военная лаборатория на острове Возрождения была закрыта властями Казахстана 18 января 1992 года [11]. После этого полигон практически не охранялся, и на острове стали орудовать жители прибрежных поселков. Они разграбили автопарк и жилые помещения, потом очередь дошла до лабораторного комплекса и бараков. Только в 1998 году на остров прибыли казахские геологи, экологи и эпидемиологи, которые убедились, что перед уходом военные захоронили остатки биологического оружия здесь. А сталкеры тем временем продолжали добывать на полигоне цветные металлы, а потом дело дошло и до стройматериалов. Однако в отличие от отходов вся информация о биологическом оружии была вывезена во время авральной эвакуации. С развалом Советского Союза казахстанские власти делали вид, что надеются получить доступ к секретной информации прежних лет, хранящейся в архивах России, однако каких-либо серьезных официальных данных на сей счет нет.