— Скажите, товарищ Жданов, я в чем-нибудь провинился? Не справился с работой?
— Ну, что вы, что вы! Напротив. Вас назначают на новую, очень ответственную работу, — ответил Андрей Александрович.
Новиков попросил оставить его на прежней должности.
— Не в моей власти. Ну, желаю успехов на новом месте. Мы же расстаемся с вами с самыми добрыми чувствами, — сказал Жданов.
Вскоре после назначения на должность первого заместителя командующего ВВС Красной Армии А. А. Новиков побывал на Западном фронте. Ознакомившись здесь с боевыми действиями авиации, он послал Верховному Главнокомандующему докладную, в которой отмечал, что авиация разъединена, ее трудно собрать для массированного удара, так как каждая общевойсковая армия цепко держится за свои авиачасти. Исходя из ленинградского опыта, Александр Александрович внес предложение объединить авиацию для начала хотя бы в смешанный авиакорпус. Верховный тогда с этим предложением не согласился и предложил пока создать ударную группу.
Но Новиков не расстался с мыслью о внесении изменений в организацию авиации. И в мае 43-го года, когда уже был командующим Военно-Воздушными Силами, убедил наркома обороны в необходимости перестройки организационной структуры ВВС. Были созданы воздушные армии, однородные авиадивизии (истребительные, бомбардировочные, штурмовые), авиационные корпуса резерва Верховного Главнокомандования. Это способствовало повышению эффективности боевых действий авиации, позволяло осуществлять ею широкий маневр, создавать крупные авиационные группировки на важнейших направлениях советско-германского фронта.
Творческий, новаторский подход А. А. Новикова к боевому использованию авиации проявлялся с первых и до последних дней Великой Отечественной войны.
В начале войны ленинградские летчики начали летать не звеньями, состоявшими из трех самолетов, а парами. Переход к паре во многом менял тактику воздушного боя — делал его более стремительным и быстротечным. А. А. Новиков тотчас узнал об этих уставных нарушениях, но запрещать такие полеты не стал, рассудив, что плох он будет как командующий ВВС фронта, если не станет помогать летчикам изыскивать возможности более эффективного ведения боевых действий в условиях численного превосходства противника в воздухе.
Из пар стали создаваться боевые группы из четырех, шести и более самолетов. При необходимости пары в группе эшелонировались по высоте. Затем такие боевые группы стали делиться на ударные и прикрывающие. Эти новшества повысили результативность их действий. Полеты истребителей парами практиковались и на других фронтах. Парами стали летать и штурмовики. К исходу второго года войны пара самолетов официально была принята как основа боевого порядка нашей истребительной авиации.