Входными воротами инфекции служат микротравмированные кожные покровы и слизистые оболочки, однако местные изменения в очаге внедрения вируса отсутствуют. В результате нахождения вируса в организме человека уменьшается образование тромбоцитов, происходит поражение внутренних стенок сосудов, развиваются кровоизлияния и очаги некроза во внутренних органах, так что может начаться гепатит, пневмония, отек легких, панкреатит, орхит, эндартериит мелких артерий и др. При вскрытии обнаруживаются некрозы и кровоизлияния в печени, селезенке, поджелудочной железе, надпочечниках, гипофизе, гонадах.
Повышенному риску заражения лихорадкой Эбола подвержены члены семьи и медицинский персонал, ухаживающий за больными, а также лица, занимающиеся отловом и транспортировкой обезьян. После перенесенной лихорадки Эбола формируется устойчивый постинфекционный иммунитет; случаи повторного заражения редки (не более 5 %).
Инкубационный период при лихорадке Эбола длится от нескольких дней до 14–21 дня. Вслед за этим наступает резкое и внезапное заболевание. В начальном периоде лихорадки Эбола преобладают общие проявления: интенсивная головная боль в области лба и затылка, боли в шее и пояснице, боли в суставах, выраженная слабость, подъем температуры тела до 39–40 °C, отсутствие аппетита. У большинства больных отмечается першение и сухость в горле (ощущение «веревки» или болезненного «шара»), развитие ангины или язвенного фарингита. При лихорадке Эбола практически с первых дней возникают боли в животе и диарея. Лицо больного приобретает маскообразный вид с запавшими глазами и выражением тоски; нередко пациенты дезориентированы и агрессивны.
Примерно с 5–7 суток, в период разгара клинического течения, возникают боли в грудной клетке, мучительный сухой кашель. Усиливаются боли в животе, понос становится очень сильным и кровавым, развивается острый панкреатит. С 6–7 дня на коже нижней половины туловища, разгибательных поверхностях конечностей появляется кореподобная сыпь. Часто возникают язвенные вульвиты, орхиты. Одновременно развивается геморрагический синдром, характеризующийся кровоизлияниями в местах инъекций, носовыми, маточными, желудочно-кишечными кровотечениями. Массивная кровопотеря, инфекционно-токсический шок становятся причиной гибели больных лихорадкой Эбола в начале 2-й недели заболевания.
В 10 % случаев через 2–3 недели наступает клиническое выздоровление, однако период полного исчезновения симптомов растягивается на 2–3 месяца. В это время больной чувствует слабость, у него плохой аппетит, боли в животе, выпадение волос, иногда развиваются тугоухость, потеря зрения, психические нарушения.