Однако 18 июня Журдан повторил прежний маневр: опять форсировал Самбру, осадил Шарлеруа и развернул армию на высотах для прикрытия осады. 25 июня после интенсивной бомбардировки крепости комендант подписал капитуляцию, не зная, что к нему на помощь уже спешат основные силы союзников под командованием принца Кобурга. 26 июня войска Кобурга пятью колоннами предприняли концентрическую атаку французской оборонительной линии, тараня ее с разных направлений. Первым же натиском все пять колонн сбили французов с занимаемых теми позиций. Лишь с большим трудом Журдан сумел нейтрализовать начальный успех неприятеля, введя в бой резервы. В частности, левый фланг французов спасла отправленная туда дивизия Клебера. О том, как могло бы завершиться сражение, если бы австрийцы продолжали наседать, нам теперь остается лишь догадываться. Французы держались уже из последних сил, когда принц Кобург, узнав о капитуляции Шарлеруа, отказался от дальнейшего наступления и увел войска. Так, во «втором сражении при Флерюсе» Журдан одержал нечаянную победу, которая позволила ему обернуть ход всей кампании 1794 г. в пользу французов. И одним из главных творцов этого успеха, бесспорно, стал Клебер.
Преобразованные после победы при Флерюсе в отдельную Самбро-Маасскую армию войска Журдана продолжили наступление, заняв в последующие недели весь юг Австрийских Нидерландов. Дивизия Клебера взяла 15 июля штурмом город Лувен, вышла к границе с Соединенными Провинциями и 17 сентября блокировала мощную голландскую крепость Маастрихт. 2 октября Клебер, доверив генералу Луи Фриану руководить осадой Маастрихта на время своего отсутствия, с остальными силами дивизии принял участие в сражении при Альденхофене, где, командуя левым флангом армии Журдана, внес во многом решающий вклад в победу над австрийской армией. Вернувшись затем к Маастрихту, Клебер лично возглавил осаду крепости и уже 4 ноября принудил ее к капитуляции.
Слава и популярность Клебера во Франции достигли невероятных высот. Казалось, невозможного для него просто не существует. И, когда Самбро-Маасская армия встала на зимние квартиры, Конвент 20 ноября отозвал из нее Клебера для решения очередной сложнейшей задачи — отбить у австрийцев хорошо знакомый ему Майнц. Для этого Клеберу выделялись пять дивизий Мозельской и Рейнской армий, уже стоявшие у стен этой крепости. Однако подобное «доверие» у самого Клебера восторга не вызвало. После нескольких месяцев непрерывного наступления, больной и уставший, он вынужден был оставить однополчан для того, чтобы с не знакомыми ему войсками в условиях зимнего времени попытаться захватить одну из сильнейших крепостей Европы. «Зная, мой дорогой друг, обо всём том уважении и искренней привязанности, которые я к тебе испытываю, — писал он Журдану, — ты поймешь печаль, овладевшую мною при получении приказа покинуть победоносную армию, находящуюся под твоим началом. Зачем мне скрывать от тебя, что я плакал, как ребенок? Однако, заплатив эту дань дружбе и чувствительности души, которую бессердечные люди сочли бы слабостью, я принимаю свой удел и уезжаю послезавтра утром»