Репрессии против «левых» способствовали тому, что весной 1797 г. на очередных выборах трети депутатов Законодательного корпуса победу одержали сторонники монархии. В течение лета роялистское большинство отменило законы против эмигрантов и неприсягнувших священников. Оно готовилось сместить и Директорию, но та успела нанести удар первой. 4 сентября (18 фрюктидора) при поддержке республиканских генералов, включая Бонапарта, Директория произвела государственный переворот. Результаты выборов были аннулированы, депутаты-роялисты арестованы и высланы из страны, десятки монархических газет закрыты, репрессивные законы против неприсягнувшего духовенства и эмигрантов восстановлены.
Однако крен «влево» привел на апрельских выборах 1798 г. к победе якобинцев. Директории, чтобы сохранить необходимое ей соотношение голосов в Законодательном корпусе, пришлось организовать проверку полномочий вновь избранных депутатов и отсеять «левых» таким образом.
Внутренняя нестабильность усугубилась в 1798 г. осложнениями во внешней политике. Стремясь подорвать экономическую мощь своего последнего противника — Англии, Директория направила армию под командованием Бонапарта в Египет, чтобы оттуда угрожать английским владениям в Индии. Однако после успешного начала экспедиции и оккупации французами Египта британский адмирал Нельсон уничтожил французский флот в сражении при Абукире, намертво блокировав Бонапарта в Египте. Одновременно в Европе образовалась Вторая антифранцузская коалиция, куда, кроме Англии, вошли Австрия, Россия, Швеция, Турция и Неаполь. В 1799 г. русско-австрийские войска под командованием А. В. Суворова разбили французов в Италии. «Дочерние» республики на Апеннинском полуострове пали. Англо-русский корпус высадился в Голландии.
Военные неудачи еще больше пошатнули авторитет Директории. Выборы весной 1799 г. вновь завершились успехом «левых». Подобные «качели» вызывали растущее недовольство новых элит французского общества — тех людей, кто был обязан Революции своим состоянием и высоким социальным статусом. Они хотели иметь более стабильную власть, которая гарантировала бы их как от возврата к революционной диктатуре, так и от реставрации Старого порядка.
Заговор, направленный на изменение формы правления, возник в самих же правящих кругах. Его инициатором стал Сийес, член Директории. Для осуществления плана ему нужна была «шпага» — один из влиятельных генералов Республики. В октябре 1799 г., бросив свои войска в Египте, в Париж вернулся Бонапарт. Именно его заговорщики и решили использовать для осуществления переворота.