Тем временем англичане вновь появились у берегов Египта, на этот раз твердо зная, что соперник ступил на восточную землю. В начале августа 1798 г. в морской битве при Абукире Нельсон уничтожил флот противника, блокировав армию Бонапарта в Египте. Османская империя, ободренная этим, разорвала отношения с Францией и объявила ей войну, наладив сотрудничество с Россией и Англией в рамках Второй антифранцузской коалиции. Характерно, что в послании Директории Совету пятисот от 14 сентября 1798 г. (28 фрюктидора 6 года), опубликованном Национальной типографией, — уже после объявления Портой войны — говорится о том, что Франция, вторгшись в Египет для освобождения его из-под власти узурпаторов-мамлюков, не стала объявлять войну Османской империи, поскольку Порта является давним союзником Франции и, более того, «она получит руками победителей-французов огромную выгоду» от процветания Египта, который станет «самой богатой продукцией страной в мире, центром безграничной торговли, и, конечно же, наиболее грозным пунктом против ненавистного английского господства в Индии и их узурпаторской торговли»{67}.
Бонапарту, несмотря на Абукирскую катастрофу, ничего не оставалось, как продолжать завоевание страны и налаживать управление Египтом. В Каире был основан Институт Египта, задачей которого стало всестороннее изучение страны и распространение там просвещения, за что взялись члены Комиссии по наукам и искусствам, сформированной еще в марте 1798 г., - специалисты в разных областях: инженеры, архитекторы, художники, натуралисты, минерологи, антиквары, медики и т. д.{68} Были основаны французские печатные органы — газета Courrier de l'Égypte и журнал Décade Égyptienne. Планировалось также издание газеты на арабском языке, однако эта идея не была реализована{69}. Одновременно с налаживанием жизни в столице, осуществлялось покорение Дельты и продолжалось преследование отрядов Мурад-бея в Среднем и Верхнем Египте. Окончательно вопрос с этим мамлюкским эмиром был решен только в марте 1800 г., когда между воюющими сторонами был заключен мир, и Мурад-бей стал наместником французов в Верхнем Египте, сохраняя лояльность к ним до своей смерти от чумы в апреле 1801 г.
Однако покорение Египта протекало не так гладко. Осенью 1798 г. оккупанты столкнулись с актами неповиновения в нескольких провинциальных городах{70}, но особенно болезненной неожиданностью для них стало восстание в Каире (октябрь 1798 г.). Оно было жестоко подавлено, а те шесть служителей культа, которых французы считали его предводителями, казнены.